[부가가치세-질의회신] 서면인터넷방문상당3팀-759 (2005.06.01)
국가연구개발사업출연금의 과세 여부
[ 제 목 ]
국가연구개발사업출연금의 과세 여부

[ 요 지 ]
국가연구개발사업출연금을 받아 기술개발을 수행하고 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우 국가연구개발사업출연금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니함

[ 회 신 ]
사업자가 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것은 용역의 공급에 해당하는 것으로서 면세한다는 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 부가가치세 과세대상에 해당하는 것입니다. 다만, 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법 제7조 제3항의 규정에 따라 용역의 공급으로 보지 아니하는 것입니다.국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세법 시행령 제38조 각호의 1에 해당하는 용역을 제외하고는 면세되는 것이고, 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 공급하는 때에는 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 같은법 시행령 제35조 제2호 라목의 규정에 의하여 부가가치세를 면제하는 것입니다.재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가(부가가치세를 제외)로 하는 것으로서 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하나,

[ 관련법령 ]
부가가치세법 제1조【과세대상】



[회 신]재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의해 과세표준에 포함하지 아니하는 것입니다.귀 질의 1의 경우 사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받는 기관으로부터 국가연구개발사업출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우에 있어서 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것입니다. 귀 질의 2 내지 4의 경우 용역공급 해당여부, 과세 또는 면세여부, 과세표준 포함여부는 계약상 또는 법률상의 모든 원인과 공급의 주체, 거래주체별 책임과 의무 등 구체적인 사실관계를 종합하여 개별적으로 판단할 사항이며, 공동으로 기술을 개발하는 사업에 대한 그 결과물의 취득형태, 연구활동 수행여부 등에 따른 부가가치세 과세여부와 관련한 기존의 질의회신사례(부가46015-105, 2001.01.15.)의 내용을 붙임 관련 참고자료에 첨부하여 보내드리니 그 판단을 함에 있어서 참고하시기 바랍니다. 귀 질의 5의 경우 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 규정에 따라 매출세액에서 공제되는 것이나, 같은법 같은조 제2항 각호의 1에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것입니다.
                         1. 질의내용 요약 정부는 전기사업법, 원자력법, 기술개발촉진법 등의 법률에 따라 조성된 기금으로 공공의 목적을 위하여 필요한 경우 과제를 선정하여 이에 대해 연구개발비의 일부를 지원하고 있음 영리법인의 부설연구소(이하 “갑”이라 함)는 선정된 과제에 대해 전담기관과 기술개발협약서를 체결하고 당해 기술개발협약서에서 정한 정부출연금을 수령하여 과세연구를 수행하고 있으며, 연구는 갑이 단독으로 수행할 수도 있으나 주로 참여기업과 공동으로 수행함 국책연구과제의 업무흐름도는 아래와 같음① 정부가 연구개발사업계획서 검토, 협약체결, 정부출연금의 지급 및 정산, 기술료 징수 및 사후관리 등의 업무를 수행하도록 관련 업무를 전담기관에 위임하고 예산지원② 관계법령에 근거하여 과제연구를 선정하고, 주관기관과 기술개발협약서를 체결하고 협약서에 정한 바에 따라 정부출연금을 지급하고 정산③ 정부출연금중 참여기업 해당분 지급, 정부출연금은 별도의 계정을 설정하여 관리하고 잔액(이자 포함)이 있는 경우 반납④ 전담기관의 장이 성공으로 평가하여 기술료 징수대상으로 확정된 경우에는 주관기관이 참여기업으로부터 기술료를 징수함⑤ 정부출연금 상당액의 기술료를 납부함⑥ 연구수행에 필요한 원재료, 기자재 등을 외부로부터 구입 각 기관별 역할※ 전담기관(또는 전문기관) : 정부 또는 정부의 위임을 받는 기관으로 주관기관의 연구개발사업계획서 검토, 협약체결, 정부출연금의 지급 및 정산, 기술료 징수 및 사후관리 등의 업무를 수행함.※ 주관기관 : 관계법령에 근거하여 과제연구를 신청하고 선정된 연구개발사업을 주관하여 수행함※ 참여기업 : 과제연구 결과물을 사용할 목적으로 총 연구개발비 중 민간부담금의 일부를 부담하는 자로서 주관기관과 공동연구개발을 수행하는 경우도 있으며, 통상적으로 과제연구 완료시 기술료를 납부하고 실시권을 부여받음※ 실시기업 : 연구개발 결과를 실시하는 기업. 기술료를 납부하여야 함.
1. 질의내용 요약 산업재산권(지적재산권)의 귀속① 유형 1 : 연구개발 완료시까지는 정부출연금 지분상담은 정부소유로 하고 개발완료 후 기술료 납부시점부터 주관기관이 소유하거나 협약에 따라서는 참여기업과 공동소유함. 이 경우 주관기관이 비영리인 경우에는 처음부터 주관기관이 소유함② 유형 2 : 정부지분 상당부분도 처음부터 주관기관이 소유. 다만, 어느 경우에도 국가안보상 필요한 경우, 공익적 목적에 활용하기 위하여 필요한 경우, 기타 주관기관의 소유가 부적합한 경우 국가, 전담기관 또는 공동소유로 할 수 있음 유형적 결과물의 귀속원칙적으로 주관기관의 소유로 함. 다만, 참여기업이 소유의 조건으로 부담한 연구기자재 및 연구시설은 참여기업의 소유로 함 참여기업과의 공동연구 수행시의 자금흐름참여기업과 공동으로 과제연구 수행시 협약에서 정하는 바에 따라 민간부담액 중 일부를 분담시키며, 연구활동은 참여기업이 수행하는 경우와 수행하지 않는 경우로 분류됨 (질의내용)- 주관기관이 전담기관으로부터 수령하는 정부출연금이 부가가치세법상 국고보조 금으로 보아 과세표준에서 제외하는 것인지 용역의 공급거래에 해당하는지 여부- 국책연구과세 수행에 있어서 참여기업이 연구비의 일부를 부담하되 연구활동을 수행하는지 여부 및 소유권을 취득하는지 여부에 따라 부가가치세법상 과세거 래에 해당하는지 여부- 주관기관이 참여기업이 부담할 연구비와 정부출연금을 일괄관리하면서 참여기 업이 필요한 연구비를 배분하는 경우에 있어서 당해 연구비 배분이 부가가치세 법상 과세거래에 해당하는지의 여부- 참여기업이 부담하는 기술료가 부가가치세법상 과세거래에 해당하는지의 여부- 국책연구과제를 수행함에 있어서 필요한 재료 및 기자재 등을 구입함에 있어서 발생하는 부가가치세를 공제받을 수 있는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 부가가치세법 제1조【과세대상】
① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.1. 재화 또는 용역의 공급2. 재화의 수입 ○ 부가가치세법 제6조【재화의 공급】
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제7조【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.③ 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. ○ 부가가치세법 시행령 제18조【용역공급의 범위】
다음 각호의 1에 해당하는 것은 법 제7조의 규정에 의한 용역의 공급으로 본다.1. 건설업에 있어서는 건설업자가 건설자재의 전부 또는 일부를 부담하는 것2. 상대방으로부터 인도받은 재화에 주요자재를 전혀 부담하지 아니하고 단순히 가공만 하여 주는 것3. 산업상상업상 또는 과학상의 지식경험 또는 숙련에 관한 정보를 제공하는 것 ○ 부가가치세법 제12조【면 세】
① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.1. ~ 12. 생략.13. 저술가작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역17. 국가지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것
가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 부가가치세법 시행령 제35조【인적용역의 범위】
법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각호에 규정하는 용역으로 한다. (1995. 12. 30 개정)1. 생략.2. 개인법인 또는 법인격 없는 사단재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (1995. 12. 30 개정)(라) 재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 (2000. 12. 29 개정) ○ 부가가치세법 시행규칙 제11조의 3【인적용역의 범위】
③ 영 제35조 제2호 라목에서 ' 재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역' 이라 함은새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론방법공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. ○ 부가가치세법 시행령 제38조 【국가지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급 하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】법 제12조 제1항 제17호에서 ' 대통령령이 정하는 것' 이라 함은 다음 각호의 용역을 제외한 것을 말한다.1. 우정사업운영에 관한 특례법에 의한 우정사업조직이 우편법 제15조 제1항에 규정된 부가우편역무중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역2. 고속철도건설촉진법에 규정하는 고속철도에 의한 여객운송용역 ○ 부가가치세법 제13조【과세표준】
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 ' 공급가액' 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.1. ~ 3. 생략4. 국고보조금과 공공보조금
가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 부가가치세법 시행령 제48조【과세표준의 계산】
① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금요금수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다. ○ 부가가치세법 제17조【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 ' 납부세액' 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ' 매출세액' 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 ' 매입세액' 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 ' 환급세액' 이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29 개정)1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 재정경제부 소비세제과-232, 2003.12.17.사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관으로부터 국가연구개발사업출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우에 있어서 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은법시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에서 제외됨 ○ 부가46015-105, 2001.01.15.사업자 ' 갑' 이 기술을 개발함에 있어 이에 소요되는 비용 중 일부를 다른 사업자 ' 을' 이 부담하기로 약정하고 당해 기술은 ' 갑' 의 책임하에 개발하여 그 개발결과물에 대한 권리를 ' 갑' 과 ' 을' 이 공동으로 취득하는 경우
나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) ' 을' 이 당해 개발결과물을 취득하는 것에 대하여는 재화 또는 용역의 공급에 해당되어 부가가치세가 과세되는 것이나, 단순히 ' 을' 이 개발지원금만 ' 갑' 에 지원하고 그 결과물에 대한 권리를 취득하지 아니하는 경우와 ' 갑' 과 ' 을' 이 당해 결과물을 취득하기 위해 공동으로 기술을 개발하고 ' 갑' 과 ' 을' 이 당해 결과물을 공동으로 취득하는 것에 대하여는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임 【질의】
****기술개발지원사업계획에 의거 지원되는 자금 수령시, 재화와 용역의 공급이 아닌 단순한 자금지원으로 보아 일반영수증을 발행해야 하는지, 재화와 용역의 공급으로 보고 부가가치세 과세거래 또는 면세거래로 보아야 하는지 여부 ○ 부가46015-368, 2001.02.23.부가가치세법시행령 제35조 제2호 라목의 독립된 사업으로 제공되는 학술 또는 기술연구용역은 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위하여 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등을 연구하는 것이므로 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질·용도 등을 개선시키는 연구용역에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지의 여부는 관련 내용을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임 ○ 재정경제부 소비46015-243, 1996.08.21.사업자가 국가 또는 지방자치단체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받아 수탁자(사업자)의 명의와 계산으로 사업을 하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제17호의 규정이 적용되지 아니하나 수탁자(사업자)의 명의와 계산으로 하지 아니하고 국가 또는 지방자치단체의 명의와 계산으로 하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제17호의 규정이 적용됨. ○ 부가46015-3851, 2000.11.27사업자가 국고보조금 교부대상이 되는 재화 또는 용역을 공급하고 국가 등으로부터 그 대가를 직접 교부받는 국고보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 것이나, 귀 질의와 같이 재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 것임
나. 유사사례 ○ 부가46015-2850, 1997.12.20.영농조합법인이 재화나 용역을 공급받고 국고보조금을 재원으로 하여 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것임 ○ 서삼46015-10767, 2002.05.09.사업자는 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항에서 규정하고 있는 불공제되는 매입세액을 제외하고는 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것으로 당해 매입세액과 관련된 공급대가를 지급함에 있어서 그 재원에 정부출연금이 포함되어 있는지의 여부와는 무관한 것임 ○ 부가46015-1236, 1994.06.21.부가가치세법 제5조의 규정에 의하여 부가가치세 과세사업자로 등록한 사업자가 자기사업과 관련하여 신제품을 개발하는 경우 이에 관련하여 교부받은 매입세금계산서상의 부가가치세는 매출세액에서 공제되는 것임