[부가가치세-질의회신] 상담3팀-742 (2005.05.30)
정부출연금을 지원받는 사업의 매입세액 공제 여부
[ 제 목 ]
정부출연금을 지원받는 사업의 매입세액 공제 여부

[ 요 지 ]
재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 매입세액과 관련된 공급대가를 지급함에 있어서 그 재원에 정부출연금이 포함되어 있는지의 여부와는 무관함

[ 회 신 ]
자동차 제작 결함조사 사업을 수행하고 지원받는 정부출연금과 관련된 귀 질의의 경우에는 붙임 관련 참고자료의 조세법령과 유사사례【(부가46015-3851, 2000. 11.27)외 2건】를 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

[ 관련법령 ]
부가가치세법 제17조 【납부세액】



                         1. 질의내용 요약 교통안전공단법(법률 제3185호)에 의하여 설립된 건설교통부 산하기관인 교통안전공단 자동차성능시험연구소가 자동차관리법 제30조의 2 및 제31조에 의거 정부(건설교통부)로부터『자동차 제작 결함조사 사업(제작자 등이 제작한 자동차에 결함이 있는지 여부 확인)』을 위탁받아 수행하고 조사에 소요되는 비용의 일부(인건비를 제외한 재료비 성격의 직접경비)를 정부출연금으로 지원받는 경우 우리 연구소의 의견은 당해 정부출연금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 않는 것이므로 부가가치세법 제13조 제2항 제4호의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함하지 않는다고 여겨지는데 타당한지 여부와『자동차 제작 결함조사 사업』에서 발생되는 부가가치세 매입세액의 공제가 가능한지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙)                        ○ 부가가치세법 제13조【과세표준】
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하' 공급가액' 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.4. 국고보조금과 공공보조금 ○ 부가가치세법시행령 제48조【과세표준의 계산】
⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다. ○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 ' 납부세액' 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ' 매출세액' 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 ' 매입세액' 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 ' 환급세액' 이라 한다)으로 한다.1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 질의내용에 대한 자료 나. 유사사례 (기본통칙, 판례, 심판례, 심사례, 예규 등)                        ○ 부가46015-3851, 2000.11.27 사업자가 국고보조금 교부대상이 되는 재화 또는 용역을 공급하고 국가 등으로부터 그 대가를 직접 교부받는 국고보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 것이나, 귀 질의와 같이 재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 것임 ○ 재소비46015-243, 1996.08.21 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 의해 보조금의 교부대상이 되는 보조사업을 수행하는 자가 보조사업을 수행하고 국가 등으로부터 직접 교부받는 보조금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 면세포기신고를 한 사업자가 동법률에 의한 보조금이 아닌 정부출연금 등을 재원으로 국가 등이 시행하는 연구개발사업에 따라 연구개발용역을 제공하고 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임 ○ 서삼46015-10767, 2002.05.09 귀 (질의 2)의 경우 사업자는 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항에서 규정하고 있는 불공제되는 매입세액을 제외하고는 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것으로 당해 매입세액과 관련된 공급대가를 지급함에 있어서 그 재원에 정부출연금이 포함되어 있는지의 여부와는 무관한 것임