[법인세-심판청구] 조심2013서2155 (2013.11.06)
연구인력개발비 최초발생액에 대하여 증가분 방식에 의한 세액공제 적용함이 타당함[인용]
[전심번호]


[ 제 목 ]
    연구인력개발비 최초발생액에 대하여 증가분 방식에 의한 세액공제 적용함이 타당함     

[ 요 지 ]
    연구.인력개발비가 해당 과세연도의 직전 4년간 지출되지 아니하고 해당 과세영도에 비로소 발생하였다 하더라도 그 발생액 전부를 초과발생액으로 보아 세액공제를 하는 것이 타당함     

[ 결정내용 ]


[ 관련법령 ]
조세특례제한법 제10조
주 문

OOO세무서장이 2013.1.22. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 OO,OOO,OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

 가. 청구법인은 2009사업연도 법인세 신고시 당해 사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비 OOO원에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 제1항 제1호 나목(해당과세연도에 발생한 연구・인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액, 이하 “당기분방식”이라 한다)를 적용하여 산출한 OOO원을 연구・인력개발비에 대한 세액으로 공제하였다.

 나. OOO지방국세청장은 2012.4.17.˜2012.6.30. 기간 동안 청구법인에 대하여 세무조사하여 2009사업연도 연구・인력개발비를 OOO원으로 한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 연구・인력개발비 공제세액을 OOO원으로 경정하였다.

 다. 청구법인은 2012.8.31. 2009사업연도 연구・인력개발비를 OOO원으로 하고, 조특법 제10조 제1항 1호 가목(해당과세연도에 발생한 연구・인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구・인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액, 이하 “증가분방식”이라 한다)을 적용하여 산출한 OOO원을 연구・인력개발비 세액으로 하여 경정청구를 제기하였다.

 라. 처분청은 2013.1.22. 청구법인의 2009사업연도 연구・인력개발비가 최초 발생연도로서 증가분방식을 적용할 수 없다 하여 경정청구를 거부하였다.

 마. 청구법인은 이에 불복하여 2013.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  조특법 제10조의 세액공제 제도의 취지는 연구 및 인력개발비 투자에 대하여 납세의무자에게 보다 많은 세액공제의 혜택을 줌으로써 연구 및 인력개발을 촉진하는데 있고, 같은 법 시행령 제9조 제4항에서 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 기간 중 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 보고 있으므로, 최초 발생분 이전기간의 발생분을 0으로 보아 증가발생기준 세액공제를 적용할 수 있다고 해석되므로, 처분청의 거부처분은 부당하다(대법원 2009두22454, 2010.4.29., 재조예 46070-296, 2000.8.21., 조심 2010중1898, 2011.2.16. 참조).

나. 처분청 의견

  (1) 조특법 제10조 제1항 제1호 가목(증가분 방식)을 적용하여 경청청구한 내용은 기존 예규(법인세과-1285, 2009.11.17), 심판례(조심2010서276, 2010.5.6.) 및 같은 법 제10조에 위배되는 것이므로 처분청의 처분은 정당하다.

           

  (2) 또한, 조특법 제10조는 과거 4년간 지출한 연구인력개발비 비용이 없는 경우 증가분 방식을 적용할 수 있는지 여부에 대하여 기획재정부 예규・심판판례 등과 대법원 판례가 상이한 문제점으로 인하여 2012.1.1. 개정되었다.

  (3) 따라서, 청구법인의 2009사업연도 연구・인력개발비 세액공제 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  과거 4년간 지출한 연구・인력개발비용이 없는 경우 조특법 제10조 제1항 제1호 가목(증가분 방식)을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

  (1) 조세특례제한법(2009.1.30. 법률 제9353호로 개정된 것) 제10조 [연구・인력개발비에 대한 세액공제 ] ① 내국인[도박장・무도장・유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 소비성서비스업 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구・인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

 가. 해당과세연도에 발생한 연구・인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구・인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

 나. 해당과세연도에 발생한 연구・인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

  (2) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제10조 [연구・인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구・인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구・인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구・인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 신성장동력연구개발비 라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구・인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 원천기술연구개발비 라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구・인력개발비(이하 이 조에서 일반연구・인력개발비 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

 나. 해당 과세연도에 발생한 일반일반연구・인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

  1) 중소기업인 경우: 100분의 25

  2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

   가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

   나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

  3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

   100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구・인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

  (3) 조세특례제한법 시행령(2009.1.6. 대통령령 제21252호로 개정된 것) 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 ] ④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다.

{(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)}

다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인은 윤활유 및 실러 등을 판매하는 업체로서 2009년 OOO에 연구소를 설립하고 2009.6.17. OOO로부터 연구개발전담부서 인증을 받은 것으로 심리자료에 나타난다.

  (2) 청구법인이 경정청구한 연구・인력개발비 세액공제내역은 다음과 같다.

  (3) 처분청의 조사내용은 다음과 같다.

   (가) 청구법인의 주 업종은 도・소매업으로서 중소기업 해당여부 검토한바, 조특법 시행령 제2조 및「중소기업기본법 시행령」별표1의 규정에 의한 중소기업에 해당한다.

  (나) 중소기업의 연구인력개발비 세액공제는 연구인력개발비 당기발생액의 25%(당기분 방식) 또는 직전 4개년 연평균발생 초과지출액의 50% 금액(증가분 방식) 중 선택할 수 있는데, 2009년도는 당사의 연구인력개발비 최초 발생연도로서 최초 발생연도의 경우에는 연평균발생 초과지출액의 50% 금액(증가분 방식)을 적용할 수 없다.

  (4) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2009사업연도에 최초로 연구 및 인력개발비가 발생하였기 때문에 조특법 제10조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 증가분방식을 적용할 수 없다는 의견이나, 조특법상 기술ㆍ인력개발비의 세액공제 제도의 취지와 동 규정이 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 그 적용대상에서 배제하고 있지 않은 점, 그 시행령에서도 이러한 비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일 까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일 부터 소급하여 4년간 발생한 연구 인력개발비의 합계액으로 보도록 하는 규정을 두고 있는 점 등에 비추어 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 직전 4년간 지출된 바 없이 당해 과세연도에 비로소 지출되었더라도 그 투자액 전부를 초과발생액으로 보아 세액공제를 하는 것이 타당하다 할 것인바(조심 2010중1898, 2011.2.16., 대법원 2010.4.29. 선고 2009두22454 판결 같은 뜻임, 기획재정부 조세특례제도과-237 2008.6.4. 참조), 청구법인이 해당 사업연도의 연구・인력개발비에 대하여 증가분방식으로 계산하여 관련 세액공제를 경정청구한 데 대하여 거부한 처분청의 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.