[법인세-심판청구] 조심2013부1742 (2013.10.22)
국고보조금을 재원으로 연구개발비에 지출하는 경우 연구 및 인력개발비세액공제를 배제함은 정당함[기각]
[전심번호]


[ 제 목 ]
    국고보조금을 재원으로 연구개발비에 지출하는 경우 연구 및 인력개발비세액공제를 배제함은 정당함     

[ 요 지 ]
    국고보조금을 재원으로 연구개발비에 지출하는 경우 연구 및 인력개발비세액공제를 배제하도록 하는 세액공제 배제규정이 2010. 2. 18. 신설되었고, 그 시행시기에 대하여 부칙 제2조에서 2010. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용하는 것으로 규정하고 있으므로 청구법인의 연구 및 인력개발비세액공제를 배제함은 타당함     

[ 결정내용 ]
결정 내용은 붙임과 같습니다.

[ 관련법령 ]
조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요  

가. 청구법인은 2008년 및 2009년에 국가 등으로부터 연구개발 국고보조금(이하“국고보조금”이라 한다) 3,915,544천원을 지급받아, 연구개발비로 2009년 2,403,407천원, 2010년 1,383,723천원(이하“쟁점연구개발비”라 한다) 및 2011년 128,412천원을 지출하고, 2011. 3. 31. 연구 및 인력개발비 세액공제액을 1,403,245천원(국고보조금 외 지출된 연구개발비 세액공제액 포함금액)으로 하여 2010사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

나. 청구법인은 처분청의 수정신고 안내에 따라 국고보조금으로 지출한 쟁점연구개발비가 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 아닌 것으로 보아 2012. 12. 31. 연구 및 인력개발비세액공제액을 648,416천원으로 하는 법인세 과세표준 및 세액 수정신고서를 제출하였다.

다. 그 후 청구법인은 다시 쟁점연구개발비가 연구 및 인력개발비 세액공제대상이라 하여 2013. 3. 6. 연구 및 인력개발비세액공제액을 1,294,631천원으로 하는 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구서(법인세 646,214천원의 환급청구)를 제출하였으나 처분청은 2013. 3. 13. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013. 4. 14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 국고보조금을 재원으로 연구개발비에 지출하는 경우 연구 및 인력개발비세액공제를 배제하도록 하는「조세특례제한법 시행령」제9조 제8항의 규정(이하“세액공제 배제규정”이라 한다)이 2010. 2. 18. 에 신설되었음에도 2010. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용시기를 규정함은 법적안정성을 침해하는 소급입법에 해당하고, 세액공제 배제규정이 시행(2010. 1. 1.)되기 이전에 지급받은 국고보조금에 대하여 이중적 혜택을 배제하기 위해서는 부칙 제2조의 일반적 적용례가 아닌 별도의 적용례 및 경과조치를 두었어야 하지만 이를 규정하지 아니함은 입법적 미비에 해당하므로 쟁점연구개발비에 대한 세액공제를 배제함은 부당하다.

(2) 연구개발비는 통상적으로 당해 연도가 아닌 여러 사업연도에 걸쳐 사용되고 있는 점을 감안할 때 세액공제 배제규정 시행일 이전에 지급받아 2009년까지 연구개발비를 모두 사용한 법인과 불형평이 발생하는 문제가 있고, 세액공제 배제규정의 조문을 엄격 해석할 때 연구개발출연금을 지급받아 지출하는 금액으로 규정하고 있어 세액공제 배제규정 시행일(2010. 1. 1.)이후에 국고보조금을 지급받아 지출하는 분에 대하여 연구 및 인력개발비세액공제를 배제하여야 한다.

나. 처분청 의견

국고보조금을 재원으로 연구개발비에 지출하는 경우 연구 및 인력개발비세액공제를 배제하도록 하는 세액공제 배제규정이 2010. 2. 18. 에 신설되었고, 그 시행시기에 대하여 부칙 제2조에서 2010. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용하는 것으로 규정하고 있으므로 청구법인이 국고보조금을 2009년에 지급받아 2010년에 지출한 쟁점연구개발비에 대하여 연구 및 인력개발비세액공제를 배제함은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

2009년에 지급받은 연구개발 국고보조금을 2010년 이후 연구개발에 지출한 경우 연구 및 인력개발비세액공제가 가능한지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1)「조세특례제한법 시행령」(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제9조 제8항은 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 법 제10조 제1항에 따른 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반 연구 ・ 인력개발비를 산정할 때 제외한다고 규정하고 있고, 부칙 제2조 제1항은 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제9921호「조세특례제한법」일부 개정법률 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다고 규정하고 있으며, 법률 제9921호 조세특례제한법 개정법률 부칙 제1조는 이법은 2010년 1월 1일부터 시행한다고 규정하고 있고, 제2조 제1항은 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다고 규정하고 있다.

(2) 처분청이 연구개발비와 관련하여 국가 등으로부터 수령한 국고보조금 및 그 사용내역이 다음의 <표>와 같은 사실이 처분청의 조사복명서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

○○○○○○○

(3) 청구법인은 세액공제 배제규정이 2010. 2. 18. 에 신설되었음에도 2010. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용시기를 규정함은 법적안정성을 침해하는 소급입법에 해당하고, 세액공제 배제규정이 시행(2010. 1. 1.)되기 이전에 지급받은 국고보조금에 대하여 혜택을 배제하기 위해서는 부칙 제2조의 일반적 적용례가 아닌 별도의 적용례 및 경과조치를 두었어야 하지만 이를 고정하지 아니함은 입법적 미비이며, 세액공제 배제규정의 조문을 엄격 해석할 때 연구개발출연금을 지급받아 지출하는 금액으로 규정하고 있어 세액공제 배제규정 시행일(2010. 1. 1.)이후에 국고보조금을 지급받아 지출하는 분에 대하여 연구 및 인력개발비세액공제를 배제하여야 한다고 주장하고 있다.

(4) 살피건대, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우, 그 효력발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니므로, 법규 등의 변경으로 과거에는 과세대상이 되지 않던 것에 대하여 부과처분을 하게 되었다고 하여 헌법규정에 위반된 소급과세라거나 재산권의 부당한 침해라고 할 수 없다(대법원 1995. 8. 11. 선고 1994누14308 판결 같은 뜻)할 것이고,

법령을 신설하면서 별도의 경과규정을 두지 아니한 경우 일반적 적용례가 적용되는 것이므로 이를 입법적 미비에 해당하는 것으로 보기가 어려우며, 세액공제 배제규정에서 연구개발출연금을 지급받아 지출하는 금액으로 규정하고 있다 하더라도 배제규정의 적용시기에 대하여 경과규정을 별도로 규정하지 아니하고 2010. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용하는 것으로 규정하고 있으므로 2010. 1. 1. 이전에 국고보조금을 지급받아 2010. 1. 1. 이후 지출하는 분에 대하여 연구 및 인력개발비세액공제를 배제함이 타당하다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.