[법인세-심판청구] 조심2013부3109 (2013.10.15)
경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 쟁점금액을 회수하고 수정신고 한 것으로 보는 것이 타당함[기각]
[전심번호]


[ 제 목 ]
    경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 쟁점금액을 회수하고 수정신고 한 것으로 보는 것이 타당함     

[ 요 지 ]
    청구법인이 수사기관의 수사 이후에 수정신고한 점 등으로 보아, 쟁점금액으로 인한 법인세 등에 대한 처분청의 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보는 것이 타당함     

[ 결정내용 ]
결정 내용은 붙임과 같습니다.

[ 관련법령 ]
법인세법 시행령 제106조【소득처분】

주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009˜2010사업연도에 사외유출된 가공매입금액  OOO원(부가가치세를 포함하며, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 2012.4.20. 청구법인의 최대주주인 이OOO의 개인자금으로 법인에 환입 및 법인 계좌에 입금하고 동 금액을 사내유보로 처분함과 동시에 2012.4.20. 부가가치세와 법인세 수정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인의 2008˜2010사업연도 법인세 조사과정에서,  청구법인이 사외유출금액인 쟁점금액을 회수하여 사내유보 처분하고 수정신고한 내용에 대하여 「법인세법 시행령」 제106조 제4항의 규정에 따라 수사기관의 수사나 과세관청의 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보아 청구법인의 수정신고 내용을 부인하고 쟁점금액을 청구법인의 실사주인 이OOO의 상여로 소득처분하여 2013.4.3. 청구법인에게 소득금액변동통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

   (1) 처분청은 국방부 수사단 제3수사대가 정당한 수사기관이라는 근거로 국방부 조사본부령 제1조 제9호 부정군수품 관련 계몽활동 및 산속을 근거로 내세우나, 청구법인의 경우 가짜세금계산서 수취와 관련 건으로 가짜세금계산서에 대한 비자금 수사는 국방부 수사본부의 수사권한이 아님이 명백하며, 국방부 제3수사대의 수사에서 청구법인의 가공매입 정황이 인지되었다 하여 국방부 수사본부의 적법한 권한 범위 내의 수사로 볼 수 없는 이상 「법인세법 시행령」 제106조 제4항 제4호의 수사기관의 수사라 할 수 없다.

   국방부 수사대에서 경찰청에 이첩한 사실은 국방부 수사대가 청구법인의 가공매입에 대한 수사권한이 없었음을 나타내는 근거이다.

   (2) 청구법인의 최대주주 이OOO은 2012년 1월 청구법인을 방문하여 가공매입 확인을 한 기관이 국방부 원가조사단으로 알고 있었고, 현재까지도 국방부 조사본부 수사단에서 주체가 되어 수사를 하였다는 사실은 알 수도 없었으며, 국방부 수사단에서 경찰에 사건을 이첩하여 실제 조사를 한 시점은 2012년 12월이고, 정확하게 청구법인측에서 수사기관의 수사를 인지한 시점도 이 시점으로 보아야 할 것이나, 과세관청에서는 최초 내사를 실시하고 기본적인 사항만 확인한 시점만을 가지고 납세자의 의사결정(수정신고)을 추정한다는 것은 세법상 규정을 확대해석한 것이며, 청구법인이 수정신고를 하게 된 계기는 청구법인의 전 대표이사와 관련한 일련의 사건들로 인해 가공매입 사실을 숨기고 가면 차후 김OOO와의 분쟁에서 약점이 될 것을 우려하여 가공매입에 대한 수정신고를 한 것이다.

   처분청은 2011년 청구법인에서 발생한 일련의 사건들은 쟁점사항과 관련된 증빙이 아니라 대표이사 변경과 가짜세금계산서 수취를 통해 횡령한 비자금을 어떻게 관리하고 사용했는지에 관련된 사항이라고 하나, 청구법인이 가공매입에 대해 수정신고를 결심할 수 밖에 없었던 사실관계를 나타낸 것으로 청구법인의 전 대표이사 김OOO와의 복잡한 소송이 예상되어 김OOO가 알고 있는 회사의 약점을 치유하고자 수정신고를 한 것이지 국방부 합동조사단의 조사로 인해 수정신고를 하게 된 것은 아니다.

   처분청은 청구법인이 가공매입에 대해 수정신고를 하기로 결정한 2011년 11월 수정신고를 하지 않을 이유가 없다고 하나, 최대주주 이OOO이 자금사정 여력이 없어 5개월 후 자금을 마련하여 법인에 환입하고 수정신고하였으며,

   또한, 처분청은 환입금액의 출처가 차입금 OOO원, 개인 대출 OOO원으로 마련한 것이므로 수사기관의 확인 전에 환입이 가능한 것으로 보아 청구법인의 수정신고를 부인하였으나, 당시 청구법인과 ㈜OOO으로부터 OOO원이라는 금액을 차입할 여지가 없던 중에 ㈜OOO의 자금사정이 호전되어 이를 차입한 것이며, 이OOO이 거주하고 있는 아파트OOO는 기 대출OOO받은 상황이라 자금을 마련할 수 없어 수정신고 결정시점과 실제 수정신고 접수일자에 차이가 발생한 것이다.

   위와 같이 청구법인의 수정신고와 관련된 일련의 과정, 수정신고 동기 및 신고시점 등을 비롯한 여러 정황을 종합적으로 비추어 보아 청구법인이 가공매입에 대해 수정신고하게 된 계기는 단지 첨부된 재판서류에서와 같이 전 대표이사 김OOO를 해임하는 과정에서 김OOO 재직 당시의 법인회계 관련 잘못을 수정할 의도로 한 것일 뿐 수사기관의 수사 또는 과세관청의 세무조사, 경정을 예상하고 행한 행위가 아니다.

   따라서, 국방부 제3수사대는 「법인세법 시행령」 제106조 제4항 제4호에서 규정하는 수사기관으로 볼 수 없고, 청구법인은 내부사정으로 수정신고를 한 것이므로 처분은 부당하다.

 나. 처분청 의견

   (1) 청구법인이 OOO정밀 외 5개 업체로부터 발급받은 가짜세금계산서로 조성한 비자금 OOO원(공급가액)에 대해 법인세 수정신고시 사내유보로 신고한 내용을 상여처분으로 변경 결정한 관련 사실을 살펴보면,

   청구법인은 국방부 조사본부 수사단 제3수사대로부터 확보한 사실확인서는 합리적인 증거가 되지 못하고 동 기관은 수사기관에 해당하지 않고 더 나아가 이러한 사실 확인행위가 청구법인에 대한 수사기관의 수사 또는 과세관청의 세무조사(경정)로 반드시 이어진다고 단정할 수 없다고 주장하나, 국방부 조사본부 수사단 제3수사대에서 2012.1.16. 작성한 『청구법인의 원가부정 등 중간 확인결과 보고』에 따르면 “....가짜세금계산서를 발행하는 방법으로 약 OOO원의 회사자금을 횡령하여 비자금을 조성한 것이 확인되었고”라고 수사결과에 대한 가짜세금계산서 수취에 대한 확인을 하여 수사의 주체가 청구법인 주장과 같이 원가조사단이 수사를 한 것이 아니라 국방부 조사본부 수사단 제3수사대에서 관련 사실을 확인하였고 이후 원가의 정확성검증을 위해 방위사업청 원가조사단에서 원가조사를 시행하였으며,

   국방부 조사본부 수사단 제3수사대의 수사과정에서 사실 확인의 근거로 2012.1.16. 작성한 국방부 제3수사대의 보고서 및 2012.1.12. 청구법인 대표 최OOO 및 직원 추OOO의 OOO원 확인서, 2012.1.10. OOO정밀 대표 황OOO의 약 OOO원 확인서, 2012.1.10. ㈜OOO 대표 정OOO의 OOO원 확인서에 의해 약 OOO원의 비자금을 조성하기 위해 가짜세금계산서를 수수하는 방법으로 횡령하였다는 사실을 확인하였고,

   또한 2012.1.16. 수사과정에서 확인한 2012.4.19. 횡령자금 OOO원이 이OOO 개인계좌로부터 청구법인의 법인계좌에 입금되었기에 국방부 조사본부 수사단 제3수사대의 수사과정에서 부당하게 조성된 법인의 자금이 사외유출(횡령)되어 있었다는 사실을 인지한 것을 명백하게 알 수 있으며, 국방부 조사본부 수사단 제3수사대의 수사과정에서 방위산업체인 청구법인의 투명하지 못한 원가자료 제공으로 인해 정확한 부당이득금 확정이 불가능하여 방위사업청 원가검증단에 원가검증을 의뢰함과 동시에 뇌물죄 및 비자금 조성혐의에 대해 경찰과 공조수사를 위해 수사의뢰를 한 것으로 작성되어 있고(부품개발시 국방기술품질원 품보원인 최OOO이 수수한 금품에 대해 업무관련성이 있음을 입증하기 위해 경찰에 통보해 입증토록 하는 등 일부 내용에 대한 보완수사가 요구되어 경찰과 공조수사를 위해 통보),

 

   또한, 국방부 조사본부 수사단 제3수사대는 국방부 관련 방위사업 사건에 대한 수사권한을 가진 정당한 수사기관으로 수사권한이 없다면 당해 기업에 대한 직접적인 수사 대신 관련 혐의나 첩보, 정보내용을 경찰에 통보하는 것으로 종결되었을 것이나, 관련 사실에 대한 수사권한이 있기 때문에 해당 기업에 대해 직접 확인서를 제출받아 관련 사실을 확인하고 공조수사를 위해 경찰에 통보한 국방부 조사본부 수사단 제3수사대를 수사기관으로 볼 수 없다는 청구인 주장은 납득하기 어려우며, OOO기 댓글자료에서 청구법인의 대표 최OOO이 “전 대표이사 김OOO의 퇴임이후 내부자의 제보에 의해 국방부 합동조사단 조사와 방위사업청 원가실사를 받았다”고 하여 국방부 조사본부 수사단 제3수사대로부터 수사를 받았음을 알 수 있고 이후 방위사업청 원가실사를 받아 부당이득금 계산을 위한 원가실사를 받았음을 알 수 있으며, 청구법인의 경영지원팀장 김OOO는 가짜세금계산서 수취와 관련된 일을 주도하여 관리한 자로 세금계산서 수수질서 위반으로 OOO지방경찰청에 고발되었다.

   (2)  청구법인은 “법인세 등 수정신고가 2012.4.20. 접수하게 된 경위는 가공매입 사외유출된 금액을 실사주인 이OOO이 돈을 마련하지 못하여 몇 개월간 지연하다가 개인대출금을 받아 이후 법인세 등을 수정신고 납부하게 된 것입니다.” 라고 하여 2012.1.16. 국방부 조사본부 수사단 제3수사대에 의해 가짜세금계산서로 조성한 비자금에 대한 사실이 확인되어 수사대상자로서 이미 사실을 인지하고 있었고 이러한 인지는 이후 어떠한 처분이 있을 것으로 미리 안 상태에서 경찰의 수사나 세무관서의 조사통지 등을 받기 전 빠른 시일 내 수정신고를 하여야만 상여처분을 회피하여 조세 부담을 경감시키고 형법의 처벌 형량을 감소시킬 의도성을 가지고 있었다고 볼 수 있으며, 「국세기본법」의 수정신고는 평온 고요한 상태에서 법인이 스스로 수정신고기한 내 횡령자금을 법인에 반환하고 기장의 오류, 탈루세액을 수정신고할 경우 상여처분으로 소득처분을 하지 않을 수 있는 것이고, 청구법인이 2011.11.10.-11.20. 사이에 가짜세금계산서 수수에 대한 시정을 실사주 이OOO에게 요구하여 수정신고를 하기로 결정했다고 하는 것은 회사내부의 결정사항이며, 동 결정사항이 외부에 공식 표출되지 아니한 것으로 증빙이 될 수 없고, 설혹 수정신고를 하기로 한 의사결정을 하였다면 2012.4.20. 수정신고 당시 이OOO이 유출한 자금 OOO원의 법인 환입시 마련한 자금원은 특수관계법인 ㈜OOO으로부터 OOO원, 이OOO 개인 은행대출 OOO원 합계 OOO원의 자금으로 2011년 11월 당시에 수사기관의 확인 전에 법인에 환입하는 것이 충분히 가능한 것으로 보여지므로 청구법인의 의사만으로는 수정신고를 하였다고 볼 수 없다.

   따라서 2012.1.16. 국방부 조사본부 수사단 제3수사대의 수사이후 발생된 경찰수사, 세무조사 등을 충분히 예상했고 이에 따라 반드시 세무조사나 과세예고통지 등의 사실이 있을 것을 미리 알고 있었던 것으로 보여지므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁 점

   청구법인이 사외유출된 쟁점금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 수정신고하였으나, 「법인세법 시행령」 제106조 제4항의 규정에 의한 경정이 있을 것을 미리 알고 한 경우로 보아 과세한 처분의 당부

  나. 관련 법령

   (1) 법인세법 제67조 [소득처분]

 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여・배당・기타 사외유출・사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

   (2) 법인세법 시행령 106조 [소득처분]

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 세무조사의 통지를 받은 경우

2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우

3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

다. 사실관계 및 판단

   (1) 처분청의 청구법인에 대한 법인세 조사종결보고서(2013.2.) 및 김OOO의 심문조서(2013.1.16.) 내용에 따르면, 2009년부터 2011년까지 청구법인이 거짓세금계산서 수취로 인해 받환받은 자금을 이OOO의 계좌에 입금하여 경영지원팀장 김OOO가 관리하였고, 동 계좌에서 개인 사용 및 법인 입금, 신용카드 대금 등 지급사실이 있으며, 김OOO는 전 대표이사 김OOO가 OOO만원 이상 사용시에는 이OOO에게 사전 보고하라고 하였고, OOO만원 이하는 김OOO가 김OOO에게 요청시 김OOO가 지급하였다고 진술한 것으로 나타난다.

   (2) 처분청이 국방부 조사본부 수사단 제3수사대가 국방부 관련 방위사업 사건에 대한 수사권한을 가진 정당한 수사기관이라고 하면서  제시한 「국군조직법」 제15조 제1항 및 「국방부 조사본부령」 제1조 제9호는 부정군수품 관련 계몽활동 및 단속 등 군인 및 군무원에 대한 범죄의 수사 및 예방과 범죄정보에 관한 업무를 관장하기 위하여 국방부장관 소속 하에 국방부 조사본부를 둔다고 규정하고 있다.

   (3) 국방부 조사본부 수사단 제3수사대의 청구법인에 대한 원가부정 등 중간 확인결과보고서(2012.1.16.)에 의하면, 청구법인은 군납재료 구매와 외주 가공을 하면서 세금계산서를 발행하는 방법으로 약 OOO원의 회사 자금을 횡령하여 비자금을 조성(특경법상 횡령 및 조세법 위반)한 것으로 2012.1.12. 아래와 같이 청구법인 대표 최OOO 및 직원 추OOO의 OOO원 확인서, 2012.1.10. OOO정밀 대표 황OOO의 약 OOO원 확인서, 2012.1.10. ㈜OOO 대표 정OOO의 OOO원 확인서에 의하여 확인되었으며, 관련업체 군납품목 전반에 대한 원가검증의뢰(방위사업청 원가검증단) 및 뇌물죄 및 비자금 조성협의, 경찰과 공조수사(수사의뢰)를 제시한 것으로 나타난다.

    (가) 청구법인 대표이사 최OOO은 2012.1.12. 협력업체인 OOO정공, OOO테크놀리지, OOO테크, OOO정밀사와 2009년부터 2011년까지 무자료 거래에 의해 OOO원을 조성하여 회사 운용자금과 영업비로 사용하였으며, OOO에 대한 원가 OOO원을 과다계산되었다고 인정하는 확인서를 작성하였으며, 청구법인의 이사 추OOO은 위 금액을 조성하여 경영지원 김OOO 차장에게 전달하였다고 확인하고 있다.

    (나) OOO정밀 대표 황OOO는 2012.1.10. 2009.4.30.˜2011.9.21.까지 약 28회에 걸쳐 청구법인으로부터 실제 물품을 매출하지 않고 약 OOO원 상당의 영수증만 발행한 적이 있으며, 물품대금의 10%만 제외하고 청구법인의 계좌로 송금하였다고 확인하고 있다.

    (다) ㈜OOO의 대표이사 정OOO은 2012.1.10. 2010.4.30.˜2011.8.31. 기간 동안 청구법인의 부탁으로 물건 거래없이 총 14회에 걸쳐 OOO원을 납품한 것처럼 세금계산서를 발행하고 물품대금의 10%를 제외하고 청구법인에 송금하여 주었다고 확인하고 있다.

   (4) 청구법인이 제시한 쟁점금액의 수정신고와 관련한 일련의 사건은 아래와 같이 나타난다.

   (5) 청구법인은 국방부 제3수사대는 법인세법령상 수사기관에 해당하지 아니하고 국방부 제3수사대의 수사가 아닌 회사 내부사정에 의하여 수정신고를 하였다고 주장하면서 OOO기 댓글, 자문변호사 위촉계약서, 김OOO 사실확인서, 대표이사 사임에 따른 합의서, 녹취록(김OOO, 김OOO), 고소장, OOO지방법원 판결문, 증인심문조서 등의 증빙자료를 제시하므로 이에 대하여 본다.

    (가) 청구법인의 전 대표자 김OOO는 OOO출신 전직 군인으로 청구법인의 부사장으로 2005년말에 입사하여 2007년에 대표이사로 취임한 자로, 대표이사로 취임한 이후부터 퇴사시까지 대표이사에게 지급된 법인카드를 과다하게 사용하여 김OOO를 해고하기로 2011년 7월경부터 김OOO가 사용한 카드 내역을 조사하기 시작하였으며, 2011년 11월경에 현재 대표이사인 최OOO을 신임 대표이사로 임명하기로 결정하고 이 과정에서 새로운 대표이사에게 전 대표자 재직할 당시 잘못된 부분에 대해서는 고치고 가자고 결정이 되어 OOO정밀 외 5개업체로부터 가공매입분에 대해 법인세 및 부가가치세를 수정신고하기로 하였으며, 이러한 과정에서 전 대표이사 김OOO와 대표이사 사임에 따른 합의서를 작성(2011.11.29)하게 되었고 합의서 내용을 쌍방간에 위반하여 김OOO와 이OOO(실사주)간의 고소사건을 진행하게 되었다.

    (나) 법인세 등 수정신고가 2012.4.20.에 접수하게 된 경위는 가공매입 사외유출된 금액을 실사주인 이OOO이 돈을 마련하지 못하여 몇 개월간 지연하다가 개인대출금을 받아 이후 법인세 등을 수정신고 납부하게 된 것이고, 실사주 이OOO의 계좌에서 2012.4.19. OOO원을 청구법인에 입금하였으며, 이OOO이 ㈜OOO으로부터 2012.4.16. OOO원을 일시대여하고, 2012.4.17. 이OOO 계좌에 송금한 것으로 나타난다.

    (다) 청구법인은 쟁점금액을 익금산입 및 유보처분하여 수정신고하기 전까지 처분청으로부터 세무조사 사전통지나 과세자료해명안내문 등을 받은 사실이 없고, 세무조사 또는 경정 등을 사전에 인지할 만한 기타 다른 정황도 없었으며, 처분청은 위 사실확인서에 의존할 뿐 청구법인이 세무조사나 수사가 실시될 것으로 미리 인지하고 수정신고를 하였다고 단정할만한 기타 다른 객관적이고 합리적인 증거 제시는 없었다.

    (라) 청구법인이 제시한 OOO기 댓글(날짜 미상)에서 최OOO은 김OOO 동기 퇴임 후 어느 내부자의 제보에 의하여 국방부 합동조사단 조사와 방위사업청 원가실사를 받아 금전적 피해와 기업적 피해를 받고 있다고 기재되어 있다.

    (마) 자문변호사 위촉계약서(2011.11.15.)에 의하면, 청구법인(대표이사 김OOO)과 법무법인 OOO은 제2조(자문의 범위 및 방법)에서 청구법인의 제반 대외적 활동에서 발생하는 법적 문제의 예방과 해결을 위한 자문, 청구법인의 구성 및 조직체계와 관련한 자문, 청구법인의 역할을 확장하기 위하여 필요한 법적, 제도적 정비에 대한 자문을 제공하기로 하였으며, 계약기간은 2년으로 나타난다.

    (바) 청구법인의 직원 김OOO는 사실확인서(날짜 미상)에서 2011.11.24. 청구법인 전 대표 김OOO가 가지급금을 정리한 업체를 보고싶다고 하여 OOO정밀과 OOO의 반환금액 내역을 출력하여 전해준 일이 있다고 확인하고 있다.

    (사) 대표이사 사임에 따른 합의서(2011.11.29.)에 의하면, 청구법인 주주대표 이OOO과 청구법인 대표이사 김OOO는 청구법인의 대표이사를 사임함에 있어 합의서를 작성한 것으로 나타난다.

    (아) 청구법인(대표이사 최OOO) 및 이OOO이 김OOO를 상대로 OOO지방검찰청 OOO지청에 고소한 고소장(2012.1.)의 고소사실 요지를 보면, 공정증서원불불실기재, 불실기재공정증서원본행사, 특정경제법죄가중처벌등에관한법률위반(사기)인 것으로 나타난다.

    (자) 김OOO가 청구법인을 상대로 제기한 주주총회소집허가 소송에 대하여 OOO지방법원 OOO지원의 판결OOO의 주요내용에는 김OOO가 주주로 등재되어 있지 아니하고 명의신탁하였다고 보기 어려워 주주임을 인정할 수 없어 각하한 것으로 나타난다.

   (6) 「법인세법 시행령」제106조 제4항은 수정신고기한 내에 사외유출된 금액을 회수하고 익금에 산입하여 신고하는 경우 사내유보로 소득처분을 하도록 한 것은 일정한 요건 하에서 청구법인에게 자기시정의 기회를 부여하고자 하는 취지이고, 동 규정은 2010.2.18. 상여 등으로 소득처분하는 사유를 명확히 하기 위하여 개정되었는바, 그 내용을 보면 당초 세무조사 통지 및 착수뿐만 아니라 과세자료 해명 통지, 과세자료 등 처리를 위한 현지출장 및 확인, 수사기관의 수사 또는 재판과정에서 확인되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있다.

   (7) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 청구법인은 회사내부 사정에 의하여 수정신고를 결정하였으나 사외유출된 쟁점금액의 회수가 늦어져 단지 신고를 늦게 하였을 뿐이고, 국방부 제3수사대는 법인세법령에서 규정하는 수사기관이 아니며, 수사기관이라 하더라도 제3수사대의 수사만으로 처분청의 경정이 있을 것을 미리 알았다고 볼 수 없다는 주장이나, 법인세법령에서는 수사기관의 범위를 정하지 아니하고 수사기관으로만 명시하고 있어 2010.2.18. 개정된 내용 및 취지로 볼 때 검찰 이외의 수사기관의 경우도 포함된다 할 것이며, 청구법인이 제시한 자문변호사 위촉은 전 대표 김OOO가 계약한 점, 청구법인의 전 대표 김OOO에 대한 고소장에는 가짜세금계산서에 따른 사외유출과는 관련이 있는 것으로 보이지 아니한 점, 청구법인의 직원인 김OOO의 범칙혐의자 심문조서에서 가짜세금계산서 수취 및 비자금 조성 등 쟁점금액과 관련하여 청구법인의 실사주 이OOO과 전 대표 김OOO가 개입되어 있는 것으로 진술하고 있는 점, 국방부 제3수사대가 2012.1.12. 청구법인의 대표이사 최OOO 등으로부터 가공매입확인서를 징취하여 약 OOO원 상당의 회사자금으로 비자금 등을 조성한 것으로 확인하고 있는 점, 청구법인이 국방부 제3수사대의 수사 이후인 2012.4.20. 수정신고한 점 등으로 보아 청구법인이 제시한 증빙자료만으로는 회사내부에 다툼이 있었다고 하더라도 국방부 제3수사대의 수사가 있기 전에 가짜세금계산서로 인한 사외유출자금인 쟁점금액에 대하여 수정신고를 하기로 하였다는 사실을 입증하기는 부족하다고 보이므로, 청구법인이 수정신고할 당시에 처분청의 세무조사 통지나 과세자료 해명통지가 없었다 하더라도 국방부 제3수사대에 의하여 청구법인 등에 대한 수사가 진행됨에 따라 쟁점금액으로 인한 법인세 등에 대한 처분청의 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

   따라서, 처분청이 청구법인의 수정신고에도 불구하고 회수된 쟁점금액에 대하여 청구법인의 실사주인 이OOO에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액 변동통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.