[조세특례제한법-사전답변] 사전-2016-법령해석재산-0285 [법령해석과-3068] (2016.09.29)
감면대상주택이 재건축된 경우 소유주택 수 제외여부
[ 요 지 ]
    감면대상주택이 재건축으로 신축주택으로 변경된 경우에도 1세대1주택 비과세 판정시 소유주택 수에 포함하지 않음     [답변내용]위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 거주자가 「조세특례제한법」제99조의2 제1항을 적용받는 주택을 취득하여 해당 주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 재건축되어 신축주택을 취득하는 경우 「조세특례제한법」제99조의2 제2항에 따라 「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때 해당 신축주택은 신축주택의 분양가액, 분양면적 등에 관계없이 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다.

[ 관련법령 ]
조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】


1. 사실관계

 ○ 2013.12월 신청인은 경기도 ××시 소재 아파트 1동(53.18㎡)을 매입하고 「조세특례제한법」제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 제1항에 규정된 감면대상 주택임을 확인받음

 ○ 2015.7.25. 감면대상 주택에 대하여 재건축이 추진되어 조합원 분양신청함(84㎡)

 ○ 2016.3.22. 재건축사업에 대하여 과천시장이 관리처분계획 인가 고시

 ○ 2016.8월 중 조합원 분양아파트를 변경 신청 예정임(84㎡→126㎡, 청산금 추가 부담)

2. 질의내용

○ 「조세특례제한법」제99조의2 적용대상이 되는 감면주택을 취득한 이후 해당 주택이 재건축되어 감면대상의 기준이 되는 가액과 면적을 초과하는 주택을 분양받은 경우 1세대1주택 비과세 판정에 있어 분양받은 주택을 주택수에서 제외할 것인지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】


① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제38조에따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. <개정 2014.1.1>

③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다.

④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다. <개정 2014.1.1>

⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】


① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한면적 이내의 토지(이하 이 조에서 주택부수토지 라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】


⑪ 사업주체등은 신축주택등의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매계약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장에 작성하여 보관하여야 한다.

⑫ 감면대상기존주택 양도자는 2014년 3월 31일까지 2부의 매매계약서에시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다.

⑭ 제11항에 따라 매매계약서에 신축주택등임을 확인하는 날인을 요청받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제10항에 따른 신축주택등 현황 및 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인신청서류 등에 따라 신축주택등임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 신축주택등임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장에 작성하여 보관하여야 한다.

⑮ 제12항에 따라 매매계약서에 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 요청받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제13항에 따라 국토교통부장관이 제공하는 자료(제3항에서 규정하는 1세대 1주택자 여부에 대한 판정 자료를 말한다), 매매계약서 및 「주민등록법」에 따른 주민등록표(주민등록전산정보자료를 포함한다)를 통하여 감면대상기존주택임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택 확인대장에 작성하여 보관하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】


② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

○ 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】


② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.