[조세특례제한법-사전답변] 사전-2016-법령해석재산-0186 [법령해석과-1850] (2016.06.03)
자경농지 양도소득세 감면한도 적용시 부칙 적용대상 여부
[ 요 지 ]
    2016.1.1. 전 사업인정고시가 된 사업지역(2015.12.31. 현재 사업시행자가 전체 사업지역 면적의 1/2 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말함)내 토지를 2017.12.31. 이전에 사업시행자에게 양도하는 경우 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도는 2억원임     [답변내용]위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 신청인이 「조세특례제한법」(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정이 적용되는 농지를 2016.1.1. 이후 양도하는 경우로서 해당 농지가 2016.1.1. 전에 「철도건설법」제9조에 따라 국토교통부장관이 실시계획을 승인・고시한 사업지역(해당 공익사업의 시행자가 2015.12.31. 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말함)내 토지에 해당하고 2017.12.31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우 양도소득세 감면의 종합한도는 같은 법 부칙(제13560호, 2015.12.15.) 제63조 및 같은 법 시행령 부칙(제26959호, 2016.2.5.) 제39조에 따라 같은 법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제133조 제1항의 규정을 적용하는 것입니다. 이 경우 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건 및 부칙요건 해당여부 등은 신청인의 재촌・자경여부, 공익사업 시행자의 사업지역 토지 취득내역 등 구체적 사실관계를 확인하여 처리할 사항입니다.

[ 관련법령 ]
조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】


1. 사실관계

 ○ 1979.2.12. 신청인은 아래의 토지를 매매로 취득한 이후 재촌・자경을 하여 「조세특례제한법」제69조의 감면대상 토지임이 확인됨

   
소재지

지목

면적(㎡)

편입면적(㎡)

경기 ♤♤ ♡♡ 487-6



2,015

2,015

경기 ♤♤ ♡♡ 487-7



1,942

1,942


 ○ 위 경기 ♤♤ ♡♡ 487-6 및 487-7 소재 토지(이하 “해당 토지”)는 ‘국토교통부 고시 제2015-1085호’로 고시된 수도권고속철도(수서˜평택)건설사업 일부 변경에 따라

  - ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’ 제22조에 따라사업인정고시가 된 사업지역으로서 변경된 사업인가일은 2015.12.31.임

 ○ 해당 사업의 시행기간은 2011.5.27.부터 2016.12.31.까지이며, 2015.12.31.사업인가일 당시 사업시행자인 한국철도시설공단이 전체 사업지역 면적의 대부분(약 98%)을 수용으로 취득한 상태에서 2016.3.29. 해당 토지를 공공용지로 협의매수하였음

2. 질의내용

○ 2015.12.15. 개정된 조세특례제한법 제133조에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도가 1억원으로 변경되었으나

 - 부칙 제63조에 따라 종전 감면한도인 2억원을 적용받을 수 있는 대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 농업법인 이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 주거지역등 이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)

① 법 제69조제1항 본문에서 농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자 란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른한국농어촌공사(이하 이 조에서 한국농어촌공사 라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

 1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를포함한다. 이하 이 항에서 같다)・군・구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

 2. 제1호의 지역과 연접한 시・군・구안의 지역

 3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 대통령령으로 정하는 토지 란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

 1. 양도일 현재 특별시・광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의시의 읍・면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍・면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역・상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 대규모개발사업 이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역・상업지역또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

  나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역・상업지역또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

  다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

 2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑨ 법 제69조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다.

⑭ 제4항・제6항・제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 「소득세법」 제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업・임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

○ 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】
(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)

① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

 1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조,제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

 2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액.이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

  가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

  나. 5개 과세기간의 제70조, 제77조(100분의 10 및 100분의 15의 감면율을적용받는 경우로 한정한다) 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

  다. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

② 제71조에 따라 감면받을 증여세액의 5년간 합계가 1억원(이하 이 항에서 증여세감면한도액 이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 증여세감면한도액은 그 감면받을 증여세액과 그 증여일 전 5년간 감면받은 증여세액을 합친 금액으로 계산한다.

○ 조세특례제한법 부칙 <제13560호, 2015.12.15>

제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제29조의5,제126조의2 및 제127조제2항ㆍ제3항의 개정규정과 제132조제1항제3호ㆍ제2항제3호의 개정규정(제29조의5를 추가하는 부분만 해당한다) 및 제144조제1항ㆍ제2항의 개정규정(제29조의5를 추가하는 부분만 해당한다)은 2015년 12월 31일부터 시행하고, 제104의26제1항제1호의 개정규정은 2016년 3월 2일부터 시행하며, 제107조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행하고, 제106조의9(같은 조 제6항 중 가산세의 세율에 관한 부분은 제외한다), 제108조의2, 제108조의3 및 제122조의4의 개정규정은 2016년 10월 1일부터 시행하며, 제5장의9(제121조의25)의 개정규정은 2016년 10월 4일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.

제63조(자경농지에 대한 양도소득세 감면한도에 대한 경과조치)법 제69조에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 경우로서 이 법 시행전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제22조에 따라 사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 제133조제1항제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 부칙 <제26959호, 2016.2.5>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

제39조(자경농지에 대한 양도소득세 연간 감면한도가 적용되는 사업지역의 범위) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제63조에서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 이란 해당 공익사업의 시행자가 2015년 12월 31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다.

○ 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】
(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것)

① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

 1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

  가. 제33조, 제43조, 제70조, 제77조(100분의 15 및 100분의 20의 감면율을적용받는 경우에 한한다), 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

  나. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

 2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

  가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

  나. 5개 과세기간의 제70조 및 제77조(100분의 15 및 100분의 20의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

  다. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조 또는 제77조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

② 제71조에 따라 감면받을 증여세액의 5년간 합계가 1억원(이하 이 항에서 증여세감면한도액 이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 증여세감면한도액은 그 감면받을 증여세액과 그 증여일 전 5년간 감면받은 증여세액을 합친 금액으로 계산한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조 【공익사업】


이 법에 따라 토지등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

1. 국방ㆍ군사에 관한 사업

2. 관계 법률에 따라 허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도ㆍ도로ㆍ공항ㆍ항만ㆍ주차장ㆍ공영차고지ㆍ화물터미널ㆍ궤도(軌道)ㆍ하천ㆍ제방ㆍ댐ㆍ운하ㆍ수도ㆍ하수도ㆍ하수종말처리ㆍ폐수처리ㆍ사방(砂防)ㆍ방풍(防風)ㆍ방화(防火)ㆍ방조(防潮)ㆍ방수(防水)ㆍ저수지ㆍ용수로ㆍ배수로ㆍ석유비축ㆍ송유ㆍ폐기물처리ㆍ전기ㆍ전기통신ㆍ방송ㆍ가스 및 기상 관측에 관한 사업

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제22조 【사업인정의 고시】


① 국토교통부장관은 제20조에 따른 사업인정을 하였을 때에는 지체 없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시ㆍ도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명이나 명칭, 사업의 종류, 사업지역 및 수용하거나 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.

② 제1항에 따라 사업인정의 사실을 통지받은 시ㆍ도지사(특별자치도지사는 제외한다)는 관계 시장ㆍ군수 및 구청장에게 이를 통지하여야 한다.

③ 사업인정은 제1항에 따라 고시한 날부터 그 효력이 발생한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 【사업인정】


① 사업시행자는 제19조에 따라 토지등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다.

② 제1항에 따른 사업인정을 신청하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 수수료를 내야 한다.

○ 철도건설법 제9조 【철도건설사업별 실시계획의 승인】


① 제8조에 따라 철도건설사업을 하는 자(이하 사업시행자 라 한다)는 사업의 규모와 내용, 사업 구역, 사업 기간, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 포함한 철도건설사업실시계획(이하 실시계획 이라 한다)을 작성하여 국토교통부장관의 승인을 받아야 한다. 이 경우 사업시행자는 철도건설사업을 효율적으로 하기 위하여 필요하다고 인정하면 기본계획의 범위에서 구간별 또는 시설별로 실시계획을 작성할 수 있다.

④ 국토교통부장관은 제1항에 따라 실시계획을 승인하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 고시하고, 관계 서류의 사본을 관계 지방자치단체의 장에게 송부하여야 한다.

⑧ 사업시행자는 제1항에 따라 승인을 받은 실시계획 중 대통령령으로정하는 사항을 변경하려는 경우에는 국토교통부장관의 승인을 받아야 한다. 이 경우 제1항부터 제7항까지의 규정을 준용한다.

○ 철도건설법 제12조 【수용 및 사용】


① 사업시행자는 철도건설사업을 하기 위하여 필요하면 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제3조에서 정하는 토지ㆍ물건 또는 권리(이하 토지등 이라 한다)를 수용하거나 사용할 수 있다.

② 국토교통부장관이 실시계획을 승인ㆍ고시한 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조제1항에 따른 사업인정 및 같은 법 제22조에 따른 사업인정의 고시를 한 것으로 보며, 사업시행자의 재결 신청은 같은 법 제23조제1항 및 같은 법 제28조제1항에도 불구하고 실시계획에서 정하는 사업의 시행 기간 이내에 할 수 있다.

③ 제1항에 따른 토지등의 수용 또는 사용에 관한 재결을 관할하는 토지수용위원회는 중앙토지수용위원회로 한다.

④ 제1항에 따른 토지등의 수용 또는 사용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다.