[국세기본법-사전답변] 법령해석기본2015-29 (2015.02.06)
수정신고가 잘못된 경우 경정청구 가능 여부에 대한 회신
[ 요 지 ]
    과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 후 최초의 과세표준 및 세액에 대하여 수정신고를 한 경우 그 수정신고한 과세표준 및 세액에 대하여도 경정청구를 할 수 있는 것임     [답변내용]사업자가 세관장으로부터 수입물품에 대한 수입세금계산서를 발급받아 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하였으나, 수입물품의 가액이 사실과 다르게 과다 기재된 사실이 확인되어 수정수입세금계산서를 발급받기 전에 당초 수입일이 속하는 과세기간의 매입세액을 감액하는 수정신고 및 납부를 임의로 한 후, 「부가가치세법 시행령」제72조제5항에 따라 세관장으로부터 수정수입세금계산서를 발급받아 해당 수정수입세금계산서 발급일이 속하는 과세기간에 대한 부가가치세 확정신고 및 납부를 한 경우, 해당 사업자가 최초 수입세금계산서 발급일이 속하는 과세기간에 대하여 수정신고 및 납부한 부가가치세는 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 것이므로「국세기본법」제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 통해 환급받을 수 있는 것임

[ 관련법령 ]
○ 국세기본법 제45조의2

1. 사실관계

○ “(주)☆☆☆☆”(이하 “질의법인”이라 함)는 “2011년 2기부터 2013년 1기”(이하 “쟁점과세기간”이라 함)에 물품을 수입하고 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받아 부가가치세 신고를 하고 매입세액 공제를 받았으나

  - 관세청의 질의법인에 대한 조사결과 질의법인이 물품 수입 시 수입가격을 과다하게 기재한 것이 확인되었고

  - 감사원의 국세청 감사 시 질의법인이 관세청에 수입물품가액을 과다하게 신고하여 부가가치세 신고 시 과다공제받은 매입세액을 경정하라는 현지시정 처분을 함에 따라

  - 2014.6.30 질의법인은 쟁점과세기간에 대한 부가가치세 신고 시 과다기재한 수입물품가액을 정정하는 수정신고를 하고 관련 가산세를 포함하여 납부함

○ 세관장은 질의법인이 수입 시 수입가격을 과다하게 기재한 부가가치세를 2014.10.23 환급하고 환급일자를 작성일자로 하여 수정수입세금계산서를 발급하였으며

  - 질의법인은 수정수입세금계산서 작성일이 속하는 과세기간의 부가가치세 신고 시 수정수입세금계산서 내용을 반영하여 신고함에 따라

  - 결과적으로 질의법인은 같은 금액의 부가가치세를 쟁점과세기간과 수정수입세금계산서 작성일이 속하는 과세기간에 중복하여 납부하게 되었음

2. 질의내용

 ○ 부가가치세 수정신고 및 납부를 하였으나 해당 수정신고가 잘못된경우 경정청구를 통해 가산세를 포함하여 환급받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】


 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다.

  1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】


 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

  1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

○ 부가가치세법 제35조 【수입세금계산서】


 ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

 ② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다.

  2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고「관세법」에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 ④ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제72조 【수입세금계산서】


 ② 세관장은「관세법」에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조제2항, 제38조의2제1항・제2항, 제38조의3제1항부터 제3항까지, 제38조의4제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고「관세법」제38조의3제1항에 따른 수정신고를 하는 경우에는 법 제35조제2항제2호 각 목의 어느 하나에 해당할 때에만 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

 ⑤ 세관장이 제2항과 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는경우에는 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급한 날을 작성일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음의 표시를 하여 발급한다.

○ 서면인터넷방문상담1팀-546, 2005.5.20

   과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 후 최초의 과세표준 및세액에 대하여 수정신고를 한 경우 그 수정신고한 과세표준 및 세액에 대하여도 경정청구를 할 수 있는 것이지만, 수정신고에 대한 경정청구는 당초의 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 하여야 하고, 당해경정청구기간(2년)이 경과한 경우에는「국세기본법」제45조의2제2항이정하는 사유(후발적 사유)가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정또는 경정을 청구할 수 있으나 같은 법 제26조의2에 규정하는 국세부과제척기간 내에 청구하여야 하는 것임

  ☞ 회신 당시의 경정청구 기간은 법정신고기한 경과 후 2년 이내임

○ 서면인터넷방문상담1팀-1476, 2006.10.31

   과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 과세표준신고서에기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 관할세무서장이 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있으며,

  「국세기본법」제45조의2제1항의 규정에 의한 경정 등의 청구는 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 후 최초의 과세표준 및 세액에 대하여 수정신고를 한 경우에도 경정청구기한내에는 수정신고한 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구를 할 수 있는 것임

○ 징세과-399, 2009.12.9

   법인이 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에미달한 경우에「국세기본법」제47의3에 따라 과소신고가산세가 적용되는 것이므로

   수정신고 이후 경정청구에 의해 과세관청이 경정한 과세표준이 납세자가 당초 신고한 과세표준에 미달하는 경우에는 수정신고 시 납부한 과소신고가산세는 환급되는 것임

○ 재조세46019-135, 2003.4.7

  「국세기본법」제45조의2제1항의 규정에 의한 경정 등의 청구는 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 후 최초의 과세표준 및 세액에 대하여 수정신고를 한 경우에도 경정청구기한 내에는 수정신고 한 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구를 할 수 있는 것임

○ 서면인터넷방문상담3팀-2530, 2004.12.13

   외국으로부터 재화를 수입하는 수입업자가 재화를 수입하고 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받은 후 당초 수입한 재화에 대하여관할세관장이 경정하여 추가로 관세 및 부가가치세를 부담하고 추가 수입세금계산서를 교부받은 경우

   당해 수입세금계산서의 매입세액은「부가가치세법」제17조제1항의 규정에 의하여 그 수입세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간에자기의 매출세액에서 공제하거나 환급할 세액에 가산하여 환급받을 수 있는 것임