[조세특례제한법-사전답변] 사전-2015-법령해석법인-0188 [법령해석과-412] (2016.02.11)
전환지주회사에 주식 현물출자 후 전환지주회사를 적격합병하는 경우 기존 압축기장충당금의 세무처리
[ 요 지 ]
    내국법인이 전환지주회사에 지분비율미달자회사 주식을 현물출자하여 발생한 양도차익을 전환지주회사 주식의 압축기장충당금으로 손금에 산입한 후 해당 전환지주회사를 적격합병하는 경우 기존의 압축기장충당금 잔액은 합병등기일이 속하는 사업연도에 익금산입     [답변내용]위 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이 내국법인이 전환지주회사에 지분비율미달자회사 주식을 현물출자하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액을 「조세특례제한법」제38조의2제2항에 따라 전환지주회사 주식의 압축기장충당금으로 손금에 산입한 후 해당 전환지주회사를 적격합병하는 경우 기존의 압축기장충당금 잔액은 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입하는 것임 또한, 해당 내국법인이 합병대가로 취득하는 합병교부주식의 세무상 취득가액은 「법인세법 시행령」제72조제2항제5호에 따라 피합병법인 주식의 장부가액(현물출자한 날 현재의 그 현물출자로 취득한 전환지주회사 주식의 시가에서 압축기장충당금 잔액을 차감한 금액)으로 하는 것이며, 이 때 기업회계기준에 따라 장부에 계상한 합병교부주식의 가액이 세무상 취득가액 보다 큰 경우에는 그 차액을 손금에 산입하는 것임

[ 관련법령 ]
조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】
법인세법 제41조 【자산의 취득가액】
1. 사실관계
 ○ 갑법인은 2007.7. 을법인의 인적분할로 병법인 발행주식총수의 ××.××%를 보유

  - 을법인은 위 인적분할을 통해 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 “공정거래법”이라 함)에 의한 지주회사로 전환한 전환지주회사에 해당

    

 ○ 갑법인은 2007.10. 병법인 주식 전부를 을법인에 현물출자하고 그 대가로 을법인의 신주(이하 “본건 주식”이라 함)를 취득

  -갑법인은 구 「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것, 이하 “구 조특법”이라 함) 제38조의2제2항 규정에 따라 병법인 주식의 현물출자로 인한 양도차익에 대하여 과세특례 적용하고 본건 주식에 대한 압축기장충당금을 계상함

   <현물출자 시 회계처리>

   
차변

대변

을법인 주식

500억 원

병법인 주식

200억 원

양도차익

300억 원


   <현물출자 시 세무처리>

   
구 분

과 목

금 액

소득처분

손금산입

압축기장충당금

300억 원

△유보


 ○ 갑법인은 2015.×. 중 「법인세법」 제44조제2항 각 호의 요건을 모두 갖추어 을법인을 합병하고 과세특례를 신청할 계획이며,

  -합병대가로 본건 주식에 대해 합병신주를 교부하여 자기주식으로 보유할 예정이고, 합병신주 외에 지급받은 합병대가는 없음

   <합병 시 회계처리>

   
차변

대변

자기주식

600억 원

을법인 주식

500억 원

양도차익

100억 원


 ○ 갑법인과 을법인은 모두 유가증권시장 주권상장법인으로 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제 165조의4에 따라 합병하였고,

  - 갑법인은 합병 후 공정거래법상 지주회사 요건을 충족함

2. 질의내용

 ○ (질의1) 내국법인이 주식을 현물출자하고 취득한 전환지주회사의 신주에 대해 「조세특례제한법」 제38조의2제2항에 따라 압축기장충당금을 설정한 후 전환지주회사를 적격합병하는 경우

  - 해당 압축기장충당금 잔액을 익금산입하여야 하는지 여부

 ○ (질의2) 질의1에서 압축기장충당금 잔액을 익금산입하여야 한다면, 피합병법인의주주인 해당 내국법인이 적격합병대가로 취득하는 합병신주의 세무상 취득가액과 세무처리방법

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】


 ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」 제46조제2항 각 호또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 분할 이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 전환지주회사 라 한다)에 제1항각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2015년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 자기주식교환 이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 지주회사 는 전환지주회사 로, 자회사 는 지분비율미달자회사 로, 현물출자 는 현물출자 또는 자기주식교환 으로 본다. <개정 2010.12.27, 2013.1.1>

  1. 전환지주회사의 주식소유비율이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 지분비율미달자회사 라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

  가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인

  나. 전환지주회사의 분할로 신설・합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인

  2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

  3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의3 【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】


 ① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 현물출자등 이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」 제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 주식양도차익 이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. <개정 2005.2.19, 2006.2.9, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.6.8, 2010.12.30>

 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.

    {압축기장충당금×(주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여취득한 지주회사 또는 전화지주회사의 주식중 양도한 주식수/주식의현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식수)}

○ 법인세법 제16조 【배당금 또는 분배금의 의제】


 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다. <개정 2011.12.31>

  5. 합병에 따라 소멸하는 법인[이하 피합병법인 (被合倂法人)이라 한다]의 주주등이 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 법인(이하 합병법인 이라 한다)으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등의 가액과 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액[이하 합병대가 (合倂對價)라 한다]이 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

○ 법인세법 시행령 제14조 【재산가액의 평가 등】
    

 ① 법 제16조제1항 각 호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전외의 재산의 가액은 다음 각 호에 의한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.31, 2003.12.30, 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.6.8, 2012.2.2>

  1.취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 주식등 이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액

  나. 법 제16조제1항제5호 및 제6호에 따른 주식등의 경우: 법 제44조제2항제1호 및 제2호(주식등의 보유와 관련된 부분은 제외한다) 또는 법 제46조제2항제1호 및 제2호(주식등의 보유와 관련된 부분은 제외한다)의 요건을 모두 갖추거나 법 제44조제3항에 해당하는 경우에는 종전의 장부가액(법 제16조제1항제5호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제6호에 따른 분할대가 중 일부를 금전이나 그 밖의 재산으로 받은 경우로서 합병 또는 분할로 취득한 주식등을 시가로 평가한 가액이 종전의 장부가액보다 작은 경우에는 시가를 말한다). 다만, 투자회사등이 취득하는 주식등의 경우에는 영으로 한다.

  라.기타의 경우에는 취득당시 법 제52조의 규정에 의한 시가(이하 시가 라 한다). 다만, 제88조제1항제8호의 규정에 의하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 금액으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】


 ② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. <개정 2001.12.31, 2006.2.9, 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.6.8, 2010.12.30, 2011.3.31, 2012.2.2, 2014.2.21, 2015.2.3>

  5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등: 종전의 장부가액에법 제16조제1항제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조제9호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조제1항제5호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제6호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액