[조세특례제한법-사전답변] 사전-2015-법령해석법인-0405 [법령해석과-213] (2016.01.25)
공공기관의 혁신도시 이전으로 발생하는 부동산 양도차익에 대한 과세이연
[ 요 지 ]
    ‘법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 데 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례’를 적용함에 있어 본사를 이전한 날부터 2년 이내에 수도권 내 본사를 양도하기까지 일시적으로 임대하는 경우, 업무용으로 직접 사용한 면적은 ‘당해 법인이 이전일부터 소급하여 2년 이상 업무용으로 직접 사용한 면적’으로 함     [답변내용]위 세법해석 사전답변 신청의 경우, 우리청의 기존 해석사례(법령해석법인2014-535, 2015.01.21.)를 참조하시기 바랍니다. ○ 법령해석법인2014-535, 2015.01.21. 「조세특례제한법」제61조 ‘법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 데 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례’를 적용함에 있어 내국법인이 수도권과밀억제권역(이하 “수도권”) 내에 있는 본사의 일부는 당해 법인이 직접 업무용으로 사용하고 일부는 다른 사람이 사용하다가 본사를 수도권 밖으로 이전한 경우로서, 이전한 날부터 2년 이내에 수도권 내 본사를 양도하기까지 공실이 발생하여 해당 본사를 일시적으로 임대하는 경우, 같은 법 시행령 제57조제5항의 ‘당해 법인이 양도일부터 소급하여 2년 이상 업무용으로 직접 사용한 면적’은 ‘당해 법인이 이전일부터 소급하여 2년 이상 업무용으로 직접 사용한 면적’으로 하는 것임

[ 관련법령 ]
조세특례제한법 제62조 【공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】
1. 사실관계
 ○ 신청법인은 『공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 법률』에 의거 혁신도시에 본사 신사옥을 신축하고 2014. ×월에 이전을 완료하였음

 ○ 구 본사에 대하여는 『공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 및 지원에 관한 특별법』제43조에 의거 이전비용의 조달 및 국토균형발전을 고려하여 매각시기 및 방법을 포함한 종전부동산 처리계획 수립 후 입찰경쟁을 통하여 ○○과 2014.×.××. 매매계약을 체결하였음

 ○ 동 매매계약 체결시 계약보증금을 제외한 매각대금은 계약체결일로부터 1년 이내에 4개월 단위로 분납 받았으며,

  - 2015.×.××. 마지막 잔금이 완납되어 동 일자로 구 본사는 매각완료 되었음

 ○ 다만, 신청법인은 정부의 국토균형발전 방침에 부응하고 혁신도시 조기 활성화를 위하여 2014.×월 혁신도시로 先이전 완료하였으며,

  - 이전 후 구 본사 매각완료일까지 구 본사에는 사옥관리를 위한 최소인원과 일부 임대차계약이 만료되지 않은 임차법인이 계속 사용하여 왔음

2. 질의내용

 ○ (질의1)「조세특례제한법」 제62조제1항에 따라 종전부동산 양도차익에 대한 법인세 과세특례를 적용할 때

  - 같은 법 시행령 제57조제5항에서 “양도일부터 소급하여 2년 이상 업무용으로 직접 사용한 면적”의 의미

 ○ (질의2)질의1에서 다른 법인에 임대한 면적을 직접 사용한 면적에 포함 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제62조 【공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】


 ① 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 이전공공기관 이라한다)이 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 본사 라 한다)를 같은법 제2조제3호에 따른 혁신도시(이하 이 조에서 혁신도시 라 한다)또는 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」에 따른 세종특별자치시(이하 이 조에서 세종시 라 한다)로 이전하기 위하여 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제2조제6호의 종전부동산으로서 대통령령으로 정하는 부동산(이하 이 조에서 종전부동산 이라 한다)을 2018년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 해당 양도차익에서 양도일이속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호에 따른 이월결손금을 뺀 금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15>

○조세특례제한법 시행령 제58조 【공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】


 ①법 제62조제1항 전단에서 대통령령으로 정하는 부동산 이란 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제43조에 따른 종전부동산 처리계획에 매각시기 및 방법이 규정된 건축물과 그 부지를 말한다. <신설 2013.2.15>

 ②법 제62조제1항 전단에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액 이란 제57조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 수도권 과밀억제권역내 는 수도권내 로, 수도권 과밀억제권역외의 지역 은 혁신도시 및 세종시 로 본다. <개정 2013.2.15, 2014.2.21>

○ 조세특례제한법 시행령 제57조 【법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 데 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례】


 ④ 법 제61조제3항에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액 이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 제3호의 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <신설 1999.10.30, 2002.12.30, 2005.2.19, 2009.2.4>

  1. 수도권 과밀억제권역내 본사의 양도가액에서 당해자산의 장부가액을 차감한 금액

  2. 수도권 과밀억제권역내 본사의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호의 규정에 의한 이월결손금

  3. 수도권 과밀억제권역내 본사의 양도가액에서 다음 각목의 금액의 합계액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

  가. 수도권 과밀억제권역외의 지역에 소재하는 법인의 본사 또는 주사무소의 대지와 건물의 취득가액 또는 임차보증금(전세금을 포함한다. 이하 같다). 다만, 당해건물 중 당해법인이 직접 사용하지 아니하는 부분이 있는 경우에는 취득가액 또는 임차보증금에당해법인이 직접 사용하는 면적이 건물연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

  나. 수도권 과밀억제권역내 본사의 양도일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역외의 법인의 본사 또는 주사무소의 사업용고정자산(가목의 대지와 건물을 제외한다)의 취득가액

  다. 수도권 과밀억제권역내 본사의 이전비용

 ⑤ 본점 또는 주사무소의 일부는 당해 법인이 직접 업무용으로 사용하고, 일부는 다른 사람이 사용하는 경우에는 당해 건물의 연면적중 당해 법인이 양도일부터 소급하여 2년 이상 업무용으로 직접 사용한 면적이 차지하는 비율에 의하여 계산한 부분에 대하여 법 제61조의 규정을 적용한다.

 ⑥ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 제2항제2호의 경우와 제4항제3호나목의 경우에는 이전완료 또는 사용완료시까지 제11항제2호 전단의규정에 의한 이전계획서 또는 처분대금사용계획서상의 예정가액에 의한다. <신설 1999.10.30, 2001.12.31>