[조세특례제한법-사전답변] 사전-2015-법령해석재산-0386 [법령해석과-3301] (2015.12.04)
주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하지 아니한 경우에도 적용 여부
[ 요 지 ]
    조특법 제97조는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하지 아니한 경우에도 적용     [답변내용]1. 거주자가 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택규모에 해당하는 다가구주택을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5호 이상 임대하는 거주자가 당해 주택을 5년 또는 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는「조세특례제한법」제97조를 적용하는 것이며, 이에 해당하는지는 제반사항을 고려하여 판단할 사항입니다. 이 경우 같은 법 시행령 제97조 제3항을 적용함에 있어서 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하지 아니한 경우에도 적용받을 수 있는 것입니다. 2. 고가주택에 해당하는 다가구주택이「조세특례제한법」제97조 규정에 의한 장기임대주택에 해당하는 경우에는 고가주택에 대한 1세대 1주택을 먼저 적용한 후 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하고, 국민주택규모 이하 가구와 초과 가구가 혼합되어 있는 경우에는 국민주택규모에 해당하는 가구 임대분에 한하여 양도소득세를 감면하는 것입니다. 끝.

[ 관련법령 ]
○ 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】
1. 사실관계
 ○ 신청인은 1세대1주택에 해당하고, 해당 임대주택을 2015.9.4. 26억원에 양도함

   ・ 임대주택


① 주소지 : *** 대지 245.9㎡, 건물 602.02㎡

② 주택종류 : 다가구주택

               지하 3가구(각 호 40.84㎡) 주차장 37.35㎡    임대

               지상1층 3가구(각 호 49.12㎡)

               지상2층 3가구(각 호 49.12㎡)          

               지상3층 1가구(147.38㎡)               

               옥탑방 18.3㎡

               토지 245.9㎡

③ 신청인 취득일 : 1999.12.01.(신축)

④ 세무서 사업자등록 : 2013.12.19. (개업일 2013.01.01, 폐업일 2015.9.4.)


  - 2013.7. 세무조사를 받아 2008년〜2012년 귀속분 임대소득 신고누락분 고지받아 납부함

  - 2013.8. 세무서 장기임대사업자등록(개업일:2013.1.1.)

  - 관할구청에 주택임대사업등록되지 않은 상태임

2. 질의내용

(질의1) 장기임대주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 주택의 임대사실을 관할세무서장에게 신고하지 아니한 경우 「조세특례제한법」 제97조 제1항에 따른 감면을 적용받을 수 있는지 여부

(질의2) 감면대상이 되는 경우 1세대1주택 다가구주택 면적이 국민주택규모 이하부분과 초과부분이 함께 있는 경우 안분방법

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】


 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 임대주택 이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「임대주택법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

  1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

  2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

 ② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 ③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

 ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】


 ① 법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 대통령령으로 정하는 거주자 란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.

 ② 법 제97조제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 「소득세법 시행령」 제122조제4항 및 제5항을 준용한다.

 ③ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

  1.「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증

  2. 임대차계약서 사본

  3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본

  4. 삭제 <2006.6.12>

  5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

 ⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 주택임대기간 이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

  1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

  2. 삭제 <2001.12.31>

  3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

  3의2. 삭제 <2001.12.31>

  4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

  5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

 ⑥ 법 제97조제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기부 등본 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 한다. <신설 2006.6.12, 2007.6.28, 2010.5.4, 2010.11.2>

○ 조세특례제한법 시행규칙 제44조 【주택임대기간의 계산】


  영 제97조제5항제5호에서 기획재정부령이 정하는 기간 이라 함은 기존임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간으로서 3월이내의 기간을 말한다. <개정 2008.4.29>

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】


 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다. <개정 2014.1.1>

  1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

  2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 주택부수토지 라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법 시행령 제156조【고가주택의 범위】


 ① 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에서 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택 이란 주택 및 이에 딸린 토지의양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.

 ③ 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

○ 임대주택법 제2조 【정의】


  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. 임대주택 이란 임대 목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

  2. 건설임대주택 이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

  가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택[임대사업자가 토지를 임차하여 건설ㆍ임대하는 주택(이하 토지임대부 임대주택 이라 한다)을 포함한다]

  나.  「주택법」 제9조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제16조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조에 따른 임대사업자 등록을 마치고 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 임대하는 주택

  3. 매입임대주택 이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여임대하는 주택 [「주택법」 제2조제1호의2에 따른 준주택 중 대통령령으로 정하는 오피스텔(이하 오피스텔 이라 한다)을 포함한다]을 말한다.

  3의3. 준공공임대주택 이란 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 또는 지방공사 외의 임대사업자가 10년 이상 계속하여 임대하는 임대주택으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다. 다만, 공공건설임대주택은 제외한다.

  가. 전용면적 85제곱미터 이하의 주택

  나. 「건축법」 제2조제2항제1호의 단독주택 중 대통령령으로 정하는 다가구주택

○ 임대주택법 제6조 【임대사업자의 등록】


 ① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다. (2000. 1. 12 개정)

○ 임대주택법 시행령 제7조【임대사업자의 범위 및 등록 기준 등】


 ① 법 제6조제1항에서 대통령령으로 정하는 호수 란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(戶數) 또는 세대를 말한다. <개정 2008.11.26>

  1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

  2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 1호, 공동주택은 1세대

 ② 법 제6조제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같으며, 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록하여야 한다. 다만, 등록신청일부터 과거 5년 이내에 임대주택사업에서 부도(부도 후 부도 당시의 채무를 변제하고, 임대주택사업을 정상화시킨 경우는 제외한다)의 발생사실이 있는 자(부도 당시 법인의 대표자나 임원이었던 자와 부도 당시 법인의 대표자나 임원 또는 부도 당시 개인인 임대사업자가 대표자나 임원으로 있는 법인을 포함한다)는 건설임대주택의 임대사업자로 등록할 수 없다. <개정 2014.7.16>

  1. 「주택법」 제9조에 따라 등록한 주택건설사업자

  2. 「주택법」 제10조제1항 및 제3항에 따라 임대를 목적으로 주택을 건설하는 토지소유자 또는 고용자

  3. 임대를 목적으로 주택을 건축하기 위하여 「건축법」 제11조에 따라 허가를 받은 자

  4. 임대를 목적으로 주택을 소유하고 있거나 이를 매입하기 위한 계약(분양계약을 포함한다)을 체결한 자

  5. 제14조제4항 각 호의 어느 하나에 해당되는 회사 등

○ 임대주택법 시행령 제8조【임대사업자의 등록절차】


 ① 법 제6조제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 등록 신청서를 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말하며, 이하 시장ㆍ군수 또는 구청장 이라 한다)에게 제출하여야 한다. <개정 2013.3.23>

 ② 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제1항의 등록 신청서를 접수하면 제7조제2항에 따른 등록 기준에 적합한지를 확인한 후 적합한 경우에는임대사업자 등록부에 이를 올리고 등록증을 신청인에게 발급하여야 한다.

○ 주택법 제2조 【정의】


  3. 국민주택 이란 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하 주택도시기금 이라 한다)으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 주거전용면적 이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다. 이하 국민주택규모 라한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.

○ 건축법 시행령 별표1 (용도별 건축물의 종류)

 1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집・공동생활가정・지역아동센터 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다]

  가. 단독주택

  나. 다중주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택을 말한다.

   1) 학생 또는 직장인 등 여러 사람이 장기간 거주할 수 있는 구조로 되어 있는 것

   2) 독립된 주거의 형태를 갖추지 아니한 것(각 실별로 욕실은 설치할수 있으나, 취사시설은 설치하지 아니한 것을 말한다. 이하 같다)

   3) 연면적이 330제곱미터 이하이고 층수가 3층 이하인 것

  다. 다가구주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

   1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 바닥면적 2분의 1 이상을 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

   2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(부설 주차장 면적은 제외한다. 이하 같다)의 합계가 660제곱미터 이하일 것

   3) 19세대 이하가 거주할 수 있을 것

  라. 공관(公館)

 2. 공동주택[공동주택의 형태를 갖춘 가정어린이집・공동생활가정・지역아동센터・노인복지시설(노인복지주택은 제외한다) 및 「주택법 시행령」 제3조제1항에 따른 원룸형 주택을 포함한다]. 다만, 가목이나 나목에서 층수를 산정할 때 1층 전부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하는 경우에는 필로티 부분을 층수에서 제외하고, 다목에서 층수를 산정할 때 1층의 바닥면적 2분의 1 이상을 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외하며, 가목부터 라목까지의 규정에서 층수를 산정할 때 지하층을 주택의 층수에서 제외한다.

 가. 아파트: 주택으로 쓰는 층수가 5개 층 이상인 주택