[조세특례제한법-사전답변] 사전-2015-법령해석법인-22489 (2015.04.07)
법인의 공장 및 본사의 수도권 밖 이전에 따른 법인세 감면 시 본사 이전일의 의미
[ 요 지 ]
     내국법인이 수도권과밀억제권역 안에 소재하던 본사를 수도권 외의 지역으로 단계적으로 이전하면서 본사 이전등기일 이후에 본사 이전을 완료한 경우에는 실제 이전한 날(본사 이전을 완료한 날)을 본사 이전일로 보아 해당 세액감면을 적용하는 것임          [답변내용]「조세특례제한법」제63조의2의 규정(이하 “해당 세액감면”이라 함)을 적용할 때 본점 또는 주사무소(이하“본사”라 함)를 이전한 날은 본사 이전등기일로 하는 것이나, 내국법인이 수도권과밀억제권역 안에 소재하던 본사를 수도권 외의 지역으로 단계적으로 이전하면서 본사 이전등기일 이후에 본사 이전을 완료한 경우에는 실제 이전한 날(본사 이전을 완료한 날)을 본사 이전일로 보아 해당 세액감면을 적용하는 것이며 사실상 본사의 역할을 하는 사무소가 이전 당시 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 경우에는 해당 세액감면 규정을 적용받을 수 없는 것임 다만, 실제 이전한 날이 언제인지 여부 및 사실상 본사업무의 수행 여부 등은 본사 조직과 임직원 구성내역, 본사 부서별 기능, 본사 이전절차 및 업무 수행내역 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임

[ 관련법령 ]
조세특례제한법 제63조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】


1. 질의내용

 ○ 조세특례제한법 제63조의2 규정에 의한‘법인의 공장 및 본사의 수도권 밖 이전에 따른 법인세 감면’적용 시 본사 이전일을 어느 시점으로 보아야 하는지 여부

2. 사실관계

 ○ (주)□□□□(“질의법인”)은 주방용품 제조 및 도소매를 주업으로 하는회사로서, 당초 본점은 ○○시 ○○구 ○○동에, 지점(공장)은 △△도 △△시 △△면에 소재하였음

  - 이후 질의법인은 201*.**.**. ◇◇도 및 ◇◇시, 그리고 ◇◇기업도시와입주 MOU를 체결하고, 201*.**.**. ◇◇도 ◇◇시 ◇◇기업도시 산업6-1(가지번ξ*λ)상의 **,***㎡ 규모의 용지에 대하여 매매계약을 체결하였으며

  * 이후 해당 가지번은 ◇◇도 ◇◇시 ∇∇면 ◇◇기업도시로1로 변경됨  

  - 해당 부지에 201*.**월부터 주방용품 제조공장, 물류창고 및 사무동 신축공사를 개시한 후 201*.*.**. 준공을 완료하여

  - △△공장에서 ◇◇로 공장이전을 201*.*월초부터 *월말까지 2개월간에 거쳐 완료하였으며, △△공장(지점)은 201*.*월말 폐쇄  

 ○ ○○ 본점은 지방이전으로 인한 인원이탈 및 업무공백을 최소화하고자 다음과 같이 2차례에 걸쳐 ◇◇로 이전이 이루어짐

  - 2014.*월 중 1차로 ○○본점에서 7개 부서ξ*λ의 이전이 이루어졌고

  * 국내영업본부 고객지원팀, 품질경영본부 품질관리팀, 물류본부 물류관리팀, 물류본부 자재관리팀, 생산본부 생산1부문, 생산본부 조립포장팀, 생산본부 생산지원팀

  - 2015.1.2. 2차로 국내영업본부 **명을 제외한 기획감사실, 경영관리본부, 해외영업본부, 마케팅본부, 구매본부, 신사업본부, 기업부설연구소 7개 부서 **명과 등기임원 *명 등 총 **명이 ○○사무소에서 마직막 근무를 마치고 2015.*.*.부터 ◇◇에서 근무를 시작

  - 2015.1.5. 기준으로 당사 총 임직원 ***명 중에 ◇◇본사에서는 ***명, ○○사무소에서는 국내영업본부직원 **명이 남아서 근무하고 있음 

 ○ 본사 및 공장의 수도권 밖(◇◇) 이전과정의 주요일정은 다음과 같음

  - ◇◇공장 준공일 : 2014.*.**.

  - ◇◇로 본점이전등기일 : 2014.07.04.

  - ◇◇세무서에 사업자등록일 : 2014.07.08.

  - 물류창고(물류본부) 이전일 : 2014.07.31.

  - ○○ 본점 1차 이전일 : 2014.07.31.

  - △△공장 이전일 : 2014.07.01˜2014.08.30.

  - ◇◇공장 정상가동일 : 2014.10.01. (이전 후 정상가동하기까지 1개월이 더 소요됨)

  - ○○ 본점 2차 이전일 : 2015.*.*.ξ*λ

  * 질의법인의 임원(등기, 비등기 불문한 사실상의 임원) 중 ◇◇로 이전한 임원의 비율이 최초로 50% 이상이 되는 시점임

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제63조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】
(2014.12.23. 개정된 것)

 ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “지방이전법인”이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라법인세를 감면받을수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31, 2014.12.23>

  1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을하거나3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것

  2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

 ② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여이전일 이후지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을감면한다. <개정 2010.1.1, 2010.12.27, 2011.12.31, 2014.12.23>

  1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

  2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과라목의 비율을 곱하여산출한 금액에 상당하는 소득

  가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지・건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

  나. 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 “이전본사”라 한다) 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

  다. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

  라. 해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율

  3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

 ③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전본사 근무인원이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며,이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다. <개정 2010.1.1, 2014.12.23>

 ④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를감면받을 수 없다. <개정 2004.12.31, 2008.12.26, 2010.1.1>

  1. 삭제 <2008.12.26>

  2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 “임원”이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우

 ⑤ 지방이전법인이 수도권과밀억제권역에 있는 공장 또는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제60조제2항・제4항・제6항 또는 제61조제3항・제5항・제6항을 준용한다. <개정 2010.1.1>

 ⑥ 지방이전법인(공장을 이전한 경우만 해당한다)이 소유(합병・분할 또는 분할합병으로 인하여 소유권이 이전된 경우를 포함한다)한 이전 전 공장용 건축물의 부속토지로서 공장 이전일 현재 「지방세법」제106조제1항제3호가목이 적용되는 토지는 공장을 전부 이전한 날부터 5년간 「지방세법」 제106조제1항제3호가목을 적용하는 토지로 본다. 다만, 공장을 이전하여 사업을 개시한 후 그 사업을 폐업한 이후에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.1.1, 2010.3.31>

 ⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.29, 2002.12.11, 2003.12.30, 2004.12.31, 2010.1.1>

  1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병・분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

  2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우

  3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우

  4. 삭제 <2001.12.29>

  5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의사무소를 둔 경우

  6. 본사를 이전한 경우로서 제4항 제2호에 해당하는 경우

 ⑧ 제2항에 따라 감면받은 법인세액을 제7항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다. <개정 2010.1.1>

 ⑨ 제6항에 따라 이전한 날부터 5년간 이전 전 공장용 건축물의 부속토지에 대하여 「지방세법」 제106조제1항제3호가목을 적용받은 지방이전법인이 제7항제1호부터 제3호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 재산세액 및 종합부동산세액과 이자 상당 가산액을 추징한다. <개정 2010.1.1, 2010.3.31>

 ⑩ 제1항・제2항・제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다. <신설 2011.12.31>

 ⑪ 제1항부터 제5항까지 및 제7항을 적용하는 경우 기간 계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31>

○ 조세특례제한법 시행령 제60조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】
(2015.2.3. 개정된 것)

 ① (생 략)

 ② 법 제63조의2제1항제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28, 2007.11.30, 2010.2.18, 2010.6.28>

  1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조 제1항 제9호의 규정에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에서 조업(「대기환경보전법」, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 또는 「소음・진동관리법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선・이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것

  2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

 ③ 삭제 <2002.12.30>

 ④ 법 제63조의2제1항제2호에 따라 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2006.2.9, 2009.2.4, 2010.2.18, 2012.2.2, 2015.2.3>

  1. 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것

  2. 수도권과밀억제권역 안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2017년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는경우에는 2017년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2020년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

  3. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것

  4. 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도로 전환한 날부터 2017년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2017년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2020년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

 ⑤˜⑩ (생 략)

 ⑪ 법 제63조의2제7항제5호에서 “대통령령으로 정하는 기준 이상”이란본사를 수도권 밖으로 이전한 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 후 수도권 안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우를 말한다. <개정 2003.12.30, 2010.2.18, 2015.2.3>

 ⑫˜⑯ (생 략)

○ 조세특례제한법 기본통칙 61-57…1【법인본사의 이전한 날】


  영 제57조 제2항 제1호에서 “수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 수도권 과밀억제권역 안의 본점 또는 주사무소를 이전한 날”이라 함은 본점 또는 주사무소의 이전등기일로 한다. 다만, 이전등기일 이후에 실제로 이전한 경우에는 실제로 이전한 날로 한다.