[조세특례제한법-사전답변] 사전-2014-법령해석법인-20240 (2015.03.19)
사업장별로 구분경리하는 경우 공장지방이전 세액감면과 연구·인력개발설비 투자세액공제의 동시 적용 여부
[ 요 지 ]
    연구 및 인력개발을 위한 시설에 투자한 금액에 대해 공장별로 실지 귀속이 구분되지 않는 경우,‘연구 및 인력개발설비 투자세액공제’는 세액감면을 적용받는 공장을 제외한 다른 공장의 투자금액 해당액에 한하여 적용받을 수 있는 것임     [답변내용]「조세특례제한법」제143조에 따라 세액감면을 적용받는 공장과 그 밖의 공장을 구분경리하여 같은 법 제127조 제10항에 따라 공장별로 세액감면과 세액공제를 각각 적용받는 내국법인이 세액감면을 적용받는 공장과 세액공제를 적용받는 공장의 연구개발업무를 함께 수행하는 연구소의 연구 및 인력개발을 위한 시설에 투자한 금액에 대해 공장별로 실지 귀속이 구분되지 않는 경우, 같은 법 제11조의‘연구 및 인력개발설비 투자세액공제’는 「법인세법」제113조 및 같은 법 시행령 제156조 규정에 따른 구분경리 방법으로 공장별 투자금액을 안분계산하여 세액감면을 적용받는 공장을 제외한 다른 공장의 투자금액 해당액에 한하여 적용받을 수 있는 것임

[ 관련법령 ]
○ 조세특례제한법 제127조 제10항

1. 질의내용

○ 내국법인이 “이전공장” 및 “그 밖의 공장”을 구분하여 경리함으로써“이전공장”은 세액감면을 “그 밖의 공장”은 투자세액공제를 각각 적용받고자 하는 경우에

  - 연구소에 1차적으로 귀속되어 공장 간 실지구분이 불가능한 연구인력개발설비 투자세액공제의 적용 방식

  <갑설> 연구인력개발설비 투자세액공제를 합리적인 기준으로 공장 간 안분함으로써,“그 밖의 공장”에 안분한 투자세액공제 금액에 한하여 “이전공장”에 대한 세액감면과 중복 적용 가능함

  <을설> 연구인력개발설비 투자세액공제는 “이전공장”에 대한 세액감면과는 중복 적용이 불가능함

2. 사실관계

 ○ □□□□(주)(“질의법인”)는 201*.**월 중 수도권 과밀억제권역에 소재한 공장(이하“이전공장”)을 수도권 밖으로 이전함

  - 해당 공장이전은 조세특례제한법 제63조의 2의‘공장 지방이전에 따른 법인세감면’요건을 충족하여 향후“이전공장”에서 발생하는 소득금액에 대한 법인세 감면혜택을 신청할 예정임

 ○ 질의법인은 상기“이전공장”이외에 다수의 공장(이하“그 밖의 공장”)을 보유하고 있는데 각 공장들은 원재료 투입공정에서 제품 생산공정까지 일관된 작업을 할 수 있는 제조설비를 갖춘 독립된 제조장에 해당하며, 공장 간 구분경리를 통하여 각 공장에 귀속되는 소득금액 및 산출세액을 합리적으로 구분할 수 있음

 ○ 2013년 중 조세특례제한법 제127조 제10항 규정이 신설됨에 따라 향후 동일 사업연도 법인세 신고 시“이전공장”은 지방이전에 따른 세액감면을“그 밖의 공장”은 투자세액공제를 신청하고자 함

  - 질의법인이 2013년 이전에 신청한 투자세액공제는 ① 고용창출투자세액공제, ② 생산성향상시설투자세액공제, ③ 연구인력개발설비 투자세액공제 3가지 항목으로

  - 조특법제127④에 따라 향후 투자세액공제 신청 시“이전공장”을 제외한 “그 밖의 공장”에 귀속되는 부분만을 반영할 예정임

 ○ 투자세액공제 항목 중 고용창출투자세액공제와 생산성향상시설투자세액공제는 각 공장 별 설비투자내역을 토대로“이전공장”및“그 밖의 공장”간 실지구분이 가능하나,

  - 이에 반해 연구인력개발설비 투자세액공제는 직접적인 구분경리의 대상이 아닌연구소에 1차적으로 귀속되는 항목이므로 직접적인 구분경리의 대상에 해당하는 공장 간 실지구분을 할 수 없는 상태임

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】


 ④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의 2, 제31조 제4항・제5항, 제32조 제4항, 제33조의 2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의 6 제1항・제2항, 제104조의 24 제1항, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항, 제121조의 20 제2항, 제121조의 21 제2항 및 제121조의 22 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조,제8조의 3, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의 2부터 제25의 4까지, 제26조, 제30조의 4,제94조, 제104조의 14, 제104조의 15, 제104조의 18 제2항, 제104조의 22,제104조의 25 및 제126조의 7 제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. <2014.1.1. 개정>

 ⑩ 제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다. <2013.1.1. 신설>

○ 조세특례제한법 제143조【구분경리】


 ① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 “감면대상사업”이라 한다)과 그밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제11조【연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제】


 ① 내국인이 2015년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품 및 대통령령으로정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. <2014.1.1. 개정>

 ② 제1항에서“연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <2010.1.1. 개정>

  1. 연구시험용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

  2. 직업훈련용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

  3. 대통령령으로 정하는 신기술을 기업화하기 위한 사업용 자산

 ③˜⑤ (생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제10조【연구시험용 시설의 범위 등】


 ② 법 제11조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 시설”이란 연구개발을 위한 연구・시험용시설로서 기획재정부령이 정하는 것을 말한다. <개정 2000.12.29, 2008.2.29, 2010.2.18, 2014.2.21>

 ③ 법 제11조 제2항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 시설”이란 인력개발을 위한 직업훈련용 시설로서 기획재정부령이 정하는 것을 말한다. <개정 2000.12.29, 2008.2.29, 2010.2.18, 2014.2.21>

○ 조세특례제한법 시행규칙 제8조【연구시험용 시설 등의 범위 】


 ① 영 제10조제2항에서 “기획재정부령이 정하는 것”이란 전담부서등, 「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」 제18조 및 같은 법 시행령 제17조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업자 및 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합에서 직접 사용하기 위한 연구시험용시설로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 운휴 중인 것은 제외한다. <개정 2005.3.11, 2008.4.29, 2012.2.28, 2013.3.23, 2014.3.14>

  1. 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계ㆍ시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기

  2. 「법인세법 시행규칙」 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산

 ② 영 제10조제3항에서 “기획재정부령이 정하는 것”이라 함은 직업능력개발훈련시설(내국인이 영 제2조제1항의 규정에 의한 중소기업을 위하여 설치하는 직업훈련용 시설을 포함한다)로서 제1항 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. 다만, 운휴 중인 것은 제외한다. <개정 2002.3.30, 2008.4.29, 2014.3.14>