[조세특례제한법-사전답변] 사전-2014-법령해석법인-20946 (2015.01.21)
비수익사업 자산을 수익사업에 전입하여 처분하는 경우 고유목적사업준비금의 세무처리
[ 요 지 ]
     의료업을 영위하는 비영리내국법인이 고유목적사업을 수행하기 위해 다른 비영리법인들과 컨소시엄을 구성하여 손금산입한 고유목적사업준비금(이하“해당 준비금”)과 차입금으로 의학연구소용 토지를 매입하고 건물을 신축하는 경우, 해당 준비금은 고유목적사업에 사용한 것에 해당하므로 고유목적사업준비금의 익금산입 사유에 해당하지 아니하는 것임          [답변내용]귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 고유목적사업을 수행하기 위해 다른 비영리법인들과 컨소시엄을 구성하여「법인세법」제29조에 따라 손금산입한 고유목적사업준비금(이하“해당 준비금”)과 차입금으로 의학연구소용 토지를 매입하고 건물을 신축하는 경우, 해당 준비금은 고유목적사업에 사용한 것에 해당하므로 같은 법 제29조 제4항 제4호 및 제5호에 따른 고유목적사업준비금의 익금산입 사유에 해당하지 아니하는 것이며, 동 의학연구소용 건물이 완공되기 이전에 지방자치단체장의 변경승인을 받아 의학연구소용 토지 및 건물의 일부를 다른 컨소시엄 구성원 등에게 처분하여 생기는 수입에 대해 고유목적사업준비금을 설정한 경우에는 같은 법 제29조에 따라 손금에 산입할 수 있는 것임

[ 관련법령 ]
법인세법 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】


1. 질의내용

○ 질의재단이 공동매수인ξ*λ과 컨소시엄을 구성하여 고유목적사업인의학연구소 신축을 위해 지자체로부터 토지를 매입하고 각자 사용면적에 따라 건물 공사대금을 분담하기로 약정한 후 공동으로 연구소를 신축하는 과정에서

  - 연구소 준공 이전‘지자체로부터 승인받은 지분변경’에 따라 질의재단의 연구소 토지・건물 지분비율(실제사용면적)이 당초 지분비율(예정사용면적)보다 감소하여 연구소용 토지 매입대금 및 건물 공사대금을 정산하면서 감소된 연구소 사용면적분(이하“해당 부동산”이라 함)을 다른 컨소시엄 구성원 등에게 처분하였으며, 해당부동산의 처분으로 양도차익은 발생하지 않을 경우에

   * 지분변경에 따라 당초 질의재단 포함 4개법인에서 7개법인으로 변경

  - 해당 부동산의 처분수입이 법인세법 제3조 제3항 제5호의수익사업의 수입에 해당하여 해당 부동산을 수익사업회계로 전출하여 처분하는 경우 고유목적사업준비금을 다시 설정해야 하는지 여부

2. 사실관계

 ○ □□□□재단(“질의재단”)은 의료업(종합병원)을 영위하는 비영리법인으로 법인세법 제3조 제3항에서 규정하는 수익사업인 병원과 법인세법 제29조 제1항 및 같은 법 시행령 제56조 제5항의 고유목적사업인 의학연구소(이하“연구소”)를 운영하고 있으며

  - 수익사업(의료업)에서 발생한 수익에 대하여는 법인세법 제29조 제1항의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 설정한 후

  - 동 준비금의 일부를 고유목적사업인 연구소로 지출하여 연구소 운영에 사용하고 있음

 ○ 질의재단은 2006.**.**. 매도인‘○○도’와 질의재단 외 3개사(△△학원,(주)AB, (주)CD)를 공동매수인으로 하여 연구소신축목적으로‘B-8 필지’(현재 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ***번지) **,***㎡에 대해‘「▽▽▽▽▽」 조성사업 용지매매 계약’(이하“용지매매계약”)을 체결함

  - 해당용지는 계약조건상 향후 20년간 지정용도인 연구용지로만 사용가능하도록 되어 있으며(「▽▽▽▽▽」 조성사업 용지매매 계약서 제1조),

  - 같은 날 공동매수인 간 체결한‘지분변경에 관한 약정서’에서‘용지매매계약서상 토지 지분은 향후 건물이 준공되어 사용되는 경우 실제 사용면적 비율이 당초 토지취득 시 지분비율과 다른 경우 건물의사용면적에 맞추어 조정할 수 있으며, 이 경우 토지지분 조정에 따른 토지양도가액은 당초 취득가액 기준으로 정산하기로 약정

 ○ 이후 2010.*월부터 연구소를 신축하던 중 2014.*월 지분 변경의 필요ξ*λ가 있어 ○○도지사에게‘▽▽▽▽▽ 지분변경 신청’을 하였고

  * ◇◇◇컨소시엄내 (학)△△학원의 R&D비중 확대로 연구공간 수요 증가 및 (의)□□□□재단의 연구중심병원 선정으로 중복 연구기능 해소 등

  - 2014.*.**. 질의재단의 지분변경 신청을 승인하는 제**회 ▽▽▽▽▽ 심의위원회 심의결과를 통보받아 다음과 같이 지분변경을 실시함

<지분변경 내역>


변경전

변경후

비 고

컨소시엄(기업명)

지분율(%)

컨소시엄(기업명)

지분율(%)

(의)□□□□재단

**

(의)□□□□재단

**

감소

(학)△△학원

**

(학)△△학원

**

증가

(주)AB

**

(주)AB

**

증가

(주)CD

*

(주)CD

*.*

감소

 

(주)갑

*.*

신규

(주)을

*

신규

(주)병

*

신규

합 계

100

 

100

 


  - 지분변경의 승인에 따라 변경된 지분 당사자간에 2014.*.**.‘지분양수도 계약서’를 작성하고,‘지분변경에 관한 약정서’(2006.**.**.)에 따라 당초 취득가액 기준으로 토지 대금을 정산하였으며, 2014.*.**.까지 발생한 매입세금계산서 기준으로 건물 신축자금을 각각 정산함

  - 결과적으로 동 연구소는 질의재단 및 학교법인 △△학원 등 7개사가공동으로신축하였으며, 신축자금은 각 사별로 변경된 지분비율(사용면적)에 따라 이에 상당하는 자금을 부담함

 ○ 이에 따라 질의재단의 연구소 사용면적은 감소되고 학교 등 다른 법인의 사용면적은 증가되어

  - 지분변경 정산절차에 따라 질의재단은 감소된 면적에 상당하는 연구소 토지・건물을 학교법인 등에 처분(양도)하게 되었으며

  - 동 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의‘처분일 현재 3년 이상 계속하여정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용할 것’의 요건을 충족하지 못함에 따라 동 처분금액을 수익사업의 수입으로 계상함

 ○ 2014.*월 ▽▽▽▽▽ 내에 소재한 동 연구소 건물이 준공되어 질의재단의 입주가 완료되었으며

  - 질의재단은 동 연구소 용지매입 및 신축자금을 수익사업부문에서전출받은 고유목적사업준비금과 금융기관에서 연구소 신축목적으로 차입한 자금으로 충당

3. 관련법령

○ 법인세법 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】


 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

  1. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

  2. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

  3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

  4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립・운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여산출한 금액

 ② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

 ③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에게 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다.

 ④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

  1. 해산한 경우(제3항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

  2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

  3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조 제3항에 따라 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우

  4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

  5. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후5년 이내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우(익금으로 계상한 잔액으로 한정하며, 여러 사업연도에 손금으로 계상한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 경우에는 먼저 계상한 사업연도의 잔액부터 차례로 환입하여 익금으로 계상한 것으로 본다) <2014.1.1. 신설>

 ⑤ 제4항 제4호 및 제5호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. <2014.1.1. 개정>

 ⑥ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.

 ⑦ 제1항을 적용받으려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치・보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑧ 제1항 및 제3항에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】


 ① 법 제29조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

  1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체

  2. 삭 제 (01.12.31.)

  3. 법령에 의하여 설치된 기금

  4. 「주택법」 제2조 제2호에 따른 공동주택의 입주자대표회의 또는 자치관리기구

 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다.

  1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액

  2. 제2조 제1항 제5호 나목에 다른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

  3. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택금융신용보증기금이 동법 제43조의 8 제1항에 따른 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

 ③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.

 ④ 삭 제 (2004.3.22.)

 ⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.

 ⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때다음 각 호의금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

  1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조 제2항에 따른 자본적지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

  2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험・연금관리・공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

  3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액과 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액 <2014.1.1. 개정>

  4. ˜ 10. (생 략)

 ⑦ 법 제29조 제5항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

  1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

  2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

○ 법인세법 기본통칙 29-56…5【고유목적사업준비금의 임의환입】


 ① 법 29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 손금에 산입한비영리내국법인이 동조 제3항 제4호의 기한이 경과되기 전에당해준비금을 환입계상한 경우에는 이를 환입한 사업연도의 익금으로본다.

 ② 제1항에서 익금으로 보는 고유목적사업준비금 환입액에 대하여는 법 제29조 제4항의 규정을 적용한다.

○ 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】


 ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

 ② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

 ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는전입한 경우그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

 ④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다.