[조세특례제한법-사전답변] 법규법인2013-559 (2014.04.29)
공공기관 혁신도시 이전에 따른 양도차익 과세이연 시 연수시설 및 직원숙소의 본사 취득가액 포함 여부
[ 요 지 ]
     공공기관이 본사를 혁신도시로 이전하면서 종전부동산을 매각하여 발생한 양도차익을 과세이연하는 경우, 본사의 고유업무가 수행되지 아니하고 직원 복지후생 등 목적으로 사용되는 ‘연수시설 및 직원숙소’는 본사의 취득가액에 포함하지 아니하는 것이나, 연수시설 중 일부가 본사에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임     [답변내용]공공기관이 본사를 혁신도시로 이전하면서 종전부동산을 매각하여 발생한 양도차익을「조세특례제한법」제62조제1항에 따라 과세이연하는 경우, 본사의 고유업무가 수행되지 아니하고 직원 복지후생 등 목적으로 사용되는 ‘연수시설 및 직원숙소’는 같은 법 시행령 제57조제4항3호가목에 따른 본사의 취득가액에 포함하지 아니하는 것이나, 귀 질의의 경우, 연수시설 중 일부가 본사에 해당하는지 여부는 연수시설에서 수행되는 업무, 내부조직, 근무인원 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임

[ 관련법령 ]
조세특례제한법 제62조【공공기관이 혁신도시로 이전하는 경우 법인세 등 감면】
조세특례제한법 시행령 제58조 【공공기관의 혁신도시 이전에 대한 법인세 등 감면】


1. 질의내용

○ 공공기관 혁신도시 이전에 따른 양도차익에 대해 조특법제62에 따라과세이연하는 경우

  - 과세이연금액을 산정함에 있어 조특령제57④3가목의 법인 본사의 취득가액에 연수시설 및 직원숙소가 포함되는지 여부

2. 사실관계

○ (주)□□□□(“질의법인”)은 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공기업으로 △△△△△업을 주된 사업으로 영위함

 - 201*.**.**. 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따라 본사를 ‘○○시 ○○구 ○○동’에서 ‘○○시 ○구 ○○동(○○혁신도시)’으로 이전

  - 종전 본사 사옥을 매각완료하고 조특법제62에 따라 양도차익 과세이연을 신청할 예정임

 ○ 질의법인은 국토교통부로부터 승인받은 지방이전계획에 따라 혁신도시 내에 본사 신사옥 및 직원숙소를 신축

  - 신사옥 내에는 ‘연수시설’이 위치하고 있으며, 본사 직원 중 연고가 없는 직원이 거주하는 직원숙소는 신사옥 인근(혁신도시내)에 위치

  - 연수시설 내에는 본점부서의 사무실이 존재하고, 직원들을 대상으로 교육연수가 이루어지고 있음

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제62조【공공기관이 혁신도시로 이전하는 경우 법인세 등 감면】


 ① 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 “이전공공기관”이라 한다)이 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 같은 법 제2조제3호에 따른 혁신도시(이하 이 조에서 “혁신도시”라 한다) 또는 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」에 따른 세종특별자치시(이하 이 조에서 “세종시”라 한다)로 이전하기 위하여 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제2조제6호의 종전부동산으로서 대통령령으로 정하는 부동산(이하 이 조에서 “종전부동산”이라 한다)을 2015년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 해당 양도차익에서 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호에 따른 이월결손금을 뺀 금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1>

 ② 제1항을 적용받는 내국법인에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에따라 제61조제5항을 준용한다. 이 경우 “수도권과밀억제권역 밖”은“혁신도시 또는 세종시”로 보고, “수도권과밀억제권역”은 “수도권”으로 보며, “수도권과밀억제권역의 본점 또는 주사무소의 대지와 건물”은 “종전부동산”으로 본다. <개정 2014.1.1>

 ③ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 토지등 양도차익 명세서 등을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④ 「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호에 따른 성장관리권역(이하 이 조에서 “성장관리권역”이라 한다)에 본사가 소재하는 이전공공기관이 2015년 12월 31일까지 혁신도시로 본사를 이전하는 경우, 이전공공기관은과세연도별로 제1호의 금액에 제2호 또는 제3호 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

  1. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지・건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

  2. 해당 과세연도의 이전(移轉) 본사 근무인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 근무인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

  3. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인 전체 근무인원에서 차지하는 비율

 ⑤˜⑥ (생략)

 ⑦ 제4항에 따라 법인세를 감면받은 이전공공기관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 본사를 혁신도시로 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우

  2. 본사를 혁신도시로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우

  3. 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우

  4. 임원 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우

 ⑧˜⑨ (생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제58조 【공공기관의 혁신도시 이전에 대한 법인세 등 감면】


 ① 법 제62조제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 부동산”이란 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제43조에 따른 종전부동산 처리계획에 매각시기 및 방법이 규정된 건축물과 그 부지를 말한다. <신설 2013.2.15>

 ② 법 제62조제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 제57조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 “수도권 과밀억제권역내”는 “수도권내”로, “수도권 과밀억제권역외의 지역”은 “혁신도시”로 본다. <개정 2013.2.15>

 ③˜⑦ (생략)

 ⑧ 법 제62조제7항제2호에서 대통령령으로 정하는 경우 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2013.2.15>

  1. 본사를 혁신도시로 이전한 후 2015년 12월 31일까지 사업을 개시하지 아니한 경우

  2. 혁신도시로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우

 ⑨ 법 제62조제7항제3호에서 대통령령으로 정하는 기준 이상 이란 수도권 안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우를 말한다. <개정 2013.2.15>

 ⑩˜⑪ (생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제57조 【법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는데 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례】


 ①˜③ (생략)

 ④ 법 제61조제3항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 제3호의 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 

  1. 수도권 과밀억제권역내 본사의 양도가액에서 당해자산의 장부가액을 차감한 금액  

  2. 수도권 과밀억제권역내 본사의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호의 규정에 의한 이월결손금

  3. 수도권 과밀억제권역내 본사의 양도가액에서 다음 각목의 금액의 합계액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

    가. 수도권 과밀억제권역외의 지역에 소재하는 법인의 본사 또는 주사무소의 대지와 건물의 취득가액 또는 임차보증금(전세금을포함한다. 이하 같다). 다만, 당해건물 중 당해법인이 직접 사용하지 아니하는 부분이 있는 경우에는 취득가액 또는 임차보증금에 당해법인이 직접 사용하는 면적이 건물연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

    나. 수도권 과밀억제권역내 본사의 양도일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역외의 법인의 본사 또는 주사무소의 사업용고정자산(가목의 대지와 건물을 제외한다)의 취득가액

    다. 수도권 과밀억제권역내 본사의 이전비용

 ⑤ 본점 또는 주사무소의 일부는 당해 법인이 직접 업무용으로 사용하고, 일부는 다른 사람이 사용하는 경우에는 당해 건물의 연면적 중 당해 법인이 양도일부터 소급하여 2년 이상 업무용으로 직접 사용한 면적이 차지하는 비율에 의하여 계산한 부분에 대하여 법 제61조의 규정을 적용한다.

 ⑥ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 제2항제2호의 경우와 제4항제3호나목의 경우에는 이전완료 또는 사용완료시까지 제11항제2호 전단의 규정에 의한 이전계획서 또는 처분대금사용계획서상의 예정가액에 의한다.

 ⑦˜⑪ (생략)

○ 조세특례제한법 제61조【법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는데 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례】


①˜② (생략)

 ③ 수도권과밀억제권역에 본점이나 주사무소를 둔 법인이 본점이나 주사무소를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 위하여 해당 본점 또는 주사무소의 대지와 건물을 2014년 12월 31일까지 양도하여 발생한 양도차익은 해당 양도차익에서 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호에 따른 이월결손금을 뺀 금액의 범위에서대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31>

 ④ 삭제 <2001.12.29>

 ⑤ 제3항을 적용받은 법인이 해당 익금불산입액 전액을 익금에 산입하기 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 금액 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다. 이 경우 익금에 산입한 금액(합병 또는 분할 및 분할합병에 의하여 사업을 폐업하거나 해산함으로써 익금에 산입한금액은 제외한다)에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다. <개정 2010.1.1>

  1. 대통령령으로 정하는 바에 따라 본점 또는 주사무소를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 경우에 해당하지 아니하는 경우

  2. 수도권과밀억제권역에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우

  3. 수도권과밀억제권역의 본점 또는 주사무소의 대지와 건물을 처분한 대금을 대통령령으로 정하는 용도 외에 사용한 경우

  4. 해당 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우

 ⑥ 제3항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 토지등 양도차익 명세서 등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2010.1.1>

○ 지방세법 시행령 제25조 【본점 또는 주사무소의 사업용 부동산】


   법 제13조제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.