[조세특례제한법-사전답변] 법규법인2012-0443 (2013.03.07)
관계기업기준 적용에 따른 중소기업 유예기간 적용여부
[ 요 지 ]
     2012.1.1. 이후 관계기업기준을 적용함에 따라 중소기업에서 제외되는 경우에는 중소기업기본법 시행령의 개정으로 중소기업에서 제외된 것이 아니며, 실질적 독립성 위반에 해당하기에 유예기간을 적용하지 아니함     [답변내용]① 질의①은 다음의 기획재정부 해석을 참고하기 바람 ○ 기획재정부 조세특례제도과-165, 2013.2.26. 「중소기업기본법 시행령」 (2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부개정된 것) 제3조제2호다목의 신설 및 「조세특례제한법 시행령」 (2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부 개정된 것) 제2조제1항제3호의 개정에 따라 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 「조세특례제한법 시행령」 (2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제2조제5항에 따른 “「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때”에 해당하지 아니하는 것임 ② 내국법인이 자기자본 1천억원 이상인 경우에 해당하여 「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항에 따른 중소기업 유예기간을 적용받던 중 2012.1.1.이후 최초로 개시하는 사업연도에 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 관계기업기준을 적용함에 따라 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없는 것임

[ 관련법령 ]
조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】


1. 질의내용

 ① 중소기업이 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 관계기업 기준 적용으로 중소기업에서 제외되는 경우, 「조세특례제한법 시행령」 제2조제5항에 따른 유예기간을 적용할 수 있는지?

 ② 「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항에 따라 중소기업 유예기간 중이던내국법인이 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 관계기업 기준을 적용함에 따라 실질적 독립성을 위배하는 경우, 기존의 유예기간을 계속 적용할 수 있는지?

2. 사실관계

 ○ A법인은 종전까지 세법상 중소기업을 적용하여 오다가2010년 자기자본 1,000억원을 초과하여 「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항에 따라 중소기업 유예기간을 적용받던 중,

  - 2011.11.30. B법인의 주식을 100% 취득하여 지배기업이 됨

 ○ 유예기간을 적용받던 A법인은 중소기업의 요건 중 2012.1.1. 이후 개시하는사업연도부터 적용하는 관계기업 기준 적용으로 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제3호 ‘실질적인 독립성’ 요건을 충족하지 못하게 되었고

  - 종전까지 중소기업이었던 B법인도 같은 기준 적용으로 ‘실질적인 독립성’ 요건을 충족하지 못하게 됨

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】
(2012.12.28)

 ① 「조세특례제한법」(이하 법 이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 중소기업 이란 작물재배업, ---(생략) ---  시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 중소기업 이라 한다)을 말한다.다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 중소기업기준 이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제 (2000.12.29)

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 별표 1의 기준에맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 은 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 으로 본다.

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 유예기간 이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. (개정 2010.12.30)

  1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

  4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호,별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (개정 2012.2.2)

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】
(2010.12.30)

 ① 「조세특례제한법」(이하 법 이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 중소기업 이란 작물재배업, ---(생략) ---시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 중소기업 이라 한다)을 말한다. (이하 생략)

  1. (생략)

  2. 삭제 (2000.12.29.)

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. (이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령(2010.12.30., 대통령령 제22583호로 개정된 것) 부칙 제1조 (시행일)

  이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, --- 제2조제1항제3호 전단(「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호다목의 부분만 해당한다) 중 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.