[조세특례제한법-사전답변] 법규법인2012-490 (2012.12.28)
00중앙회가 이미 받은 명칭사용료를 반환하는 경우 「조세특례제한법」 제121조의23제5항을 적용하지 아니함
[ 요 지 ]
00중앙회가 경영상의 중대한 위기를 사유로 정관이 정하는 바에 따라 계열사로부터 이미 받은 명칭사용료를 감액하여 반환하는 것에 대하여는 「조세특례제한법」 제121조의23제5항을 적용하지 아니하는 것으로 부당행위계산부인 규정의 적용을 배제하지 아니하는 것임     [답변내용]「농업협동조합법」(2011.3.31. 법률 제10522호로 개정된 것) 제159조의2에 따라 ▣▣▣▣조합의 명칭을 사용하는 계열사로부터 매출액의 2.5% 범위내에서 명칭사용료를 받는 ▣▣▣▣조합중앙회(이하 00중앙회 )가 일부 계열사의 경영상의 중대한 위기를 사유로 정관이 정하는 바에 따라 이미 받은 명칭사용료를 감액하여 반환하는 것에 대하여는 「조세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제121조의23제5항을 적용하지 아니하는 것으로 「법인세법」 제52조의 부당행위계산부인 규정의 적용을 배제하지 아니하는 것임 다만, 00중앙회가 정관이 정하는 바에 따라 명칭사용료를 감액하여 반환하는 것이 「법인세법」 제52조의 부당행위계상부인 대상인지 여부는 실질내용에 따라 사실판단할 사항임     

[ 관련법령 ]
조세특례제한법 제121조의23【농업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례】


1. 질의내용

  가, 사실관계

 ○▣▣▣▣조합중앙회(이하 00중앙회 )는 「▣▣▣▣조합법」(2011.3.31. 개정된 것) 제159조의2에 따라 ▣▣▣▣조합의 명칭을 사용하는 계열사에게 매출액의 2.5% 범위에서 총회에서 정하는 부과율로 명칭사용료를 부과하여 사용료를 받고 있으며

  - 00중앙회는 해당 사용료를 00중앙회 목적사업의 하나인 회원과조합원에 대한 지원 및 지도 등의 교육지원사업과 유통지원자금의 재원으로 사용할 예정임

 ○「조세특례제한법」 제121조의23 제3항에 따라 00중앙회가 2012.3.2.부터 2013.12.31.까지 수취하는 명칭사용료 수입에 대하여는 고유목적사업준비금을 전액 설정하여 손금에 산입할 수 있으며

  - 같은 조 제5항에 따라 ▣▣▣▣조합의 명칭을 사용하는 법인이 지출하는 명칭사용료에 대하여는 「법인세법」 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하지 아니함

 ○ 00중앙회는 2012사업연도부터 매분기 초에 ▣▣▣▣조합중앙회 정관 제1조의2 및 경영관리규정 제35조에 따른 부과율을 적용하여

  - △△△△은행, ○○화학 등을 포함한 계열사로부터 2012사업연도분 명칭사용료를 수취하여 왔음

 ○ 00중앙회는 정관 제1조의2제4항에 따라 명칭사용료 부과대상 법인에 중대한 경영위기 등 불가피한 사유가 발생한 경우에는 규정에 따라 부과금액을 감면하거나 납부를 유예할 수 있는 규정을 적용할 수 있으며

  - 계열사인 △△△△은행은 금융감독원이 정하는 고정이하 여신비율 목표 달성이 어렵게 되고, ○○화학은 공정거래위원회 과징금 부과에 따른 당기손실로 어려움이 예상되자 이를 불가피한 사유가 발생된 경우로 판단하고

  - 이미 수취한 명칭사용료(2012.3.˜2012.11.)를 이사회 결의로 감면하여 2012사업연도 중 △△△△은행에는 약 1,000억원, ○○화학에는 약 14억원을 반환하고자 함

  나. 질의요지

 ○ 00중앙회가 2012사업연도 중에 계열사인 △△△△은행과 ○○화학으로부터 기 수취한 명칭사용료의 일부를 감면하여 반환하는 경우

  -해당 반환금액에 대하여 「조세특례제한법」 제121조의23제5항을 적용하는지 여부

2. 질의 내용에 대한 자료

  가. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제121조의23【농업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례】


① 「농업협동조합법」에 따른 농업협동조합중앙회(이하 이 조에서 농업협동조합중앙회 라 한다)가 2012년 6월 30일까지 「농업협동조합법」제134조의2부터 제134조의5까지의 규정에 따라 분할하는 경우에는「법인세법」 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할로 보아 이 법과 「법인세법」의 분할에 관한 규정을 적용하고, 이를 「부가가치세법」 제6조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다.

② 「농업협동조합법」 제134조의3에 따른 농협금융지주회사(이하 이 조에서 농협금융지주회사 라 한다)가 농업협동조합중앙회와 2012년6월 30일까지 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환을 하는 경우에는 제38조제1항제1호의 요건을 갖춘 것으로 본다.

③ 농업협동조합중앙회에 대해서는 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 다음 각 호의 금액을합한 금액의 범위에서 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있다.

 1. 「법인세법」 제29조제1항제1호 및 제2호에 따른 소득금액

 2. 「농업협동조합법」 제159조의2에 따라 농업협동조합의 명칭을 사용하는 법인에 대해서 부과하는 명칭사용료 수입금액에 100분의 70에서 100분의 100까지의 범위에서 기획재정부장관과 농림수산식품부장관이 협의하여 기획재정부령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액

 3. 제1호 및 제2호에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액

④ 농업협동조합중앙회에 대해서는 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용할 때 「농업협동조합법」 제68조에 따라 회원에게 배당하는 금액 등 대통령령으로 정하는 금액을고유목적사업준비금으로 세무조정계산서에 계상하면 해당금액은 손금으로 계상한 것으로서 고유목적사업에 지출 또는 사용된 금액으로 본다.

⑤ 「농업협동조합법」 제159조의2에 따라 농업협동조합의 명칭을 사용하는 법인이 지출하는 명칭사용료에 대해서는 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제52조를 적용하지 아니한다.

⑥ 농업협동조합중앙회가 「농업협동조합법」 제159조의2에 따라 공급하는명칭사용용역에 대해서는 2013년 12월 31일까지 부가가치세를 면제한다.

⑦ 농업협동조합중앙회가 「농업협동조합법」 제134조의2부터 제134조의5까지의 규정에 따른 법인에 공급하는 전산용역에 대해서는 2013년 12월 31일까지 부가가치세를 면제한다.

⑧ 「농업협동조합법」 제134조의5제1항에 따른 농협생명보험과 농협손해보험(이하 이 항에서 농협보험 이라 한다)의 교육세 과세표준을 계산할 때 농협보험 설립 전에 체결한 공제계약으로부터 발생하는 수익금액은 제외한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제51조의9【농업협동조합중앙회의 고유목적사업준비금 손금산입 한도】


   법 제121조의23제3항제2호에서 기획재정부장관과 농림수산식품부장관이 협의하여 기획재정부령으로 정하는 비율 이란 100분의 100을 말한다.

  나. 관련 사례

 ○  관련사례 없음