[조세특례제한법-사전답변] 법규법인2012-408 (2012.11.30)
의약품 제조법인이 의약품 품질관리를 위하여 신설 및 증설투자한 경우에는 의약품 품질관리 개선 시설투자에 대한 세액공제 가능
[ 요 지 ]
의약품 제조법인이 의약품 품질관리를 위하여 신설 및 증설투자한 경우에는 의약품 품질관리 개선 시설투자에 대한 세액공제가 가능하나, 기존설비의 보수비, 주기적인 수선비, 기존설비의 가치를 증대시키는 자본적 지출금액은 세액공제를 할 수 없음     [답변내용]의약품 제조사업을 영위하는 내국법인이 「조세특례제한법 시행규칙」 제13조의4에 따른 의약품 품질관리 개선시설에 해당하는 제조공장을 신축하거나 신규품목 제조를 위하여 기존공장에 생산라인을 신설하는 등 생산능력이 현저히 증가되도록 기존설비를 확장한 증설투자에 해당되는 경우의 투자금액은 「조세특례제한법」 제25조의4에 따른 의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것임 다만, 「약사법」 제31조에 따른 의약품제조품질관리기준(GMP기준)을 충족하기 위하여 기존공장에 지출하는 투자금액 중 기존설비의 보수비, 주기적인 수선비 및 기존설비의 가치를 증가시키는 자본적지출 비용은 투자세액공제의 대상에서 제외하는 것임     

[ 관련법령 ]
조세특례제한법 제25조의4【의약품 품질관리 개선 시설투자에 대한 세액공제】


1. 질의내용

  가, 사실관계

 ○ 회사는 의약품 제조・판매 법인으로 1982년부터 경기 안산에 제조공장을 준공하여 의약품 제조를 하고 있으며

  -설립초기부터 제조・판매하였던 의약품 뿐만 아니라 페니실린, 말라리아 치료제 및 항생제 등을 생산하기 위하여

  - 「약사법」 제31조에 따른 의약품제조 품질관리 기준(이하 GMP기준 )을 충족하는 공장을 경기 오산에 추가 신설(공사기간 2008년˜2012년)하였고 그에 따른 각종 설비 및 기계장치 등에 투자함

  - 또한 기존 안산공장에 신규품목 제조를 위한 라인을 신설(증설)하거나 기존품목의 GMP기준 충족을 위하여 필수불가결하게 설치 또는 교체해야하는 설비등에 투자를 하고 있음

 ○ 회사는 오산공장 신설 및 기존 안산공장의 증설등에 따른 투자금액에 대하여 2011년까지는 임시투자(현 고용창출)세액공제를 받았으나

  - 2012년부터는 「조세특례제한법」 제24조의4에 따른 의약품 품질관리 개선 시설투자에 대한 세액공제를 받고자 함

 ○ 회사는 GMP기준 충족을 위하여 투자한 공조설비, 배관, 배기, 전기설비 등은 건물부속설비로 분류하고 세병기, 충전기, 포장작업대 등은 기계장치로 분류하고 있음

  나. 질의요지

 ○ 의약품 제조회사가 신설공장 또는 기존공장에 GMP기준 충족을 위하여 건물부속설비 시설 및 기계장치 투자를 한 경우 의약품 품질관리 개선 시설투자에 대한 세액공제가 가능한지 여부

2. 질의 내용에 대한 자료

  가. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제25조의4【의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제】


①내국인이 대통령령으로 정하는 의약품 품질관리 개선시설에 2013년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 7에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법은 제11조를 준용한다. <개정 2010.12.27>

② 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제22조의4【의약품 품질관리 개선시설의 범위 등】


① 법 제25조의4제1항 전단에서 대통령령으로 정하는 의약품 품질관리 개선시설 이란 품질이 우수한 의약품을 제조하거나 공급하기위한 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다.<개정 2008.2.29>

② 법 제25조의4제1항을 적용받으려는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도에 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29>

○ 조세특례제한법 시행규칙 제13조 의4【의약품 등 품질관리 개선시설의 범위】


   영 제22조의4제1항에서 기획재정부령으로 정하는 것 이란 「약사법 시행규칙」 별표 2 및 별표 3에 따른 의약품 및 생물학적제제 등제조 및 품질관리기준의 적용대상이 되는 시설(토지는 제외한다)을 말한다.

○ 약국 및 의약품 등의 제조업・수입자 및 판매업의 시설기준령 제3조【의약품 등 제조소의 시설 기준 등】


① 의약품 또는 의약외품(이하 의약품등 이라 한다) 제조소에는 다음 각 호의 시설 및 기구를 갖추어야 한다.

 1. 제조 작업을 하는 작업소

 2. 원료ㆍ자재 및 제품의 품질을 관리하는 시험실

 3. 원료ㆍ자재 및 제품을 보관하는 보관소

 4. 제조 및 품질관리에 필요한 시설 및 기구

② 의약품등 외의 물품을 제조하는 자가 의약품등을 제조하려는 경우 해당 물품 제조를 위한 시설이 다음 각 호의 요건을 갖춘 때에는 그 물품 제조를 위한 시설을 의약품등 제조소의 시설로 갈음할 수 있다.

 1. 의약품등 외의 물품 제조를 위한 시설이 제1항 각 호에 적합할 것

 2. 의약품등과 의약품등 외의 물품이 상호 간에 오염될 우려가 없을 것

③ 의약품의 제조업허가 또는 의약외품의 제조업신고를 한 자(이하 의약품등의 제조업자 라 한다)는 의약품등 상호 간에 오염될 우려가 없는 경우에는 해당 의약품등의 제조소 시설을 다른 의약품등의 제조소 시설로 갈음할 수 있다.

  나. 관련 사례

○ 법규법인2011-0466, 2011.12.8.

   의약품 제조를 영위하는 내국법인이 「조세특례제한법 시행규칙」 제13조의4에 따른 의약품 품질관리 개선시설에 해당하는 제조공장에 대해 기존공장을 리모델링하고 추가로 증축한 경우

   「조세특례제한법」 제25조의4에 따른 의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제를 적용하는 투자의 범위에는 리모델링에 대한 투자는 제외되지만 증가된 공장의 연면적에 대한 투자는 포함되는 것이나,

   증가된 해당 공장의 연면적 중 같은 법 시행규칙 제53조 단서에 해당하는 식당 등에 대한 부분은 투자세액공제의 대상에서 제외되는 것임