[조세특례제한법-사전답변] 법규법인2012-204 (2012.05.21)
겸영법인의 주업종이 중소기업 해당업종이 아닌 업종으로 변경되는 경우 연구개발비 세액공제시 일반기업의 공제율을 적용
[ 요 지 ]
중소기업 해당사업과 해당하지 않는 사업을 겸영하는 법인이 주업종의 변경으로 유예적용 없이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 당기분 방식에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제는 일반기업의 공제율을 적용하는 것임     [답변내용]귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이 중소기업 해당사업과 해당하지 않는 사업을 겸영하는 내국법인이 주업종의 변경으로 인하여 중소기업 유예적용 없이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 당기분 방식에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제는 「조세특례제한법」 제10조제1항제3호나목에 따라 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액에 해당 과세연도 수입금액에서 일반연구개발비가 차지하는 비율의 2분의 1을 더한 금액(100분의 6을 한도로 한다)을 법인세에서 공제하는 것임     

[ 관련법령 ]
조세특례제한법 제10조【연구인력개발비에 대한 세액공제】


1. 질의내용 요약

   가. 사실관계

 ○ 회사는 조세특례제한법 시행령 제2조제1항의 중소기업 해당업종인출판업과 중소기업 해당업종이 아닌 교육서비스업을 겸영하고 있으며

  - 전기 사업연도까지는 주된 업종이 출판업에 해당되고 업종기준 및 규모기준을 충족하여 중소기업이었으나

  - 당기 사업연도에 회사의 사업별 수입금액의 변화로 주된 업종이 중소기업 해당업종이 아닌 교육서비스업으로 변경됨에 따라 업종기준을 충족하지 못하여 중소기업에서 제외ξ*λ됨

   * 조세특례제한법 기본통칙 4-2…5 제1항 단서에 따라 중소기업 유예기간을 적용받지 아니함

   나. 질의요지

 ○ 주업종이 중소기업 해당업종에서 중소기업 해당업종이 아닌 업종으로 변경되는 경우 당기분 방식의 연구 및 인력개발비 세액공제시 적용할 공제율

2. 질의내용에 대한 자료

   가. 관련 조세법령

 ○ 조세특례제한법 제10조【연구・인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 내국인이 각 과세연도에 연구・인력개발비가 있는 경우에는 다음각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구・인력개발비에 대해서만 적용한다.

  1. 연구・인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 신성장동력연구개발비 라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

  2. 연구・인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 원천기술연구개발비 라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

  3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구・인력개발비(이하 이 조에서 일반연구・인력개발비 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

  가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비가 해당 과세연도의개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

  나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

   1) 중소기업인 경우: 100분의 25

   2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

    가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

    나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

   3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

      100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구・인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

 ○ 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】


 ③ 법 제10조제1항제3호나목에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 란 제2조제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우를 말한다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】


 ① 「조세특례제한법」(이하 법 이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 중소기업 이란 작물재배업, 축산업, 어업 …(중략)… 출판업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 중소기업 이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 중소기업기준 이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제 <2000.12.29>

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며(이하 생략)

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 유예기간 이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

  4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

 ○ 조세특례제한법 기본통칙 4-2…5【 중소기업유예기간의 적용범위 】


 ① 중소기업의 주된 사업이 중소기업 해당업종인 다른 업종으로 변경됨으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 영 제2조 제2항의 규정에 의한 유예기간을 적용한다. 다만, 주된 사업이 중소기업 해당사업이 아닌 사업으로 변경되어 중소기업에 해당하지 않는 경우에는 그러하지 아니하다.